Detecção e caracterização de coronavirus aviário em aves silvestres de cativeiro [thesis]

Raphael Mausbach Simão
AGRADECIMENTOS Aos meus amados pais José Roberto e Silvia Helena por todo apoio e constante estimulo, sem eles, permito-me acreditar que nada disso teria sido possível. Ao meu irmão Matheus, com toda certeza o melhor irmão que alguém poderia ter. À minha querida orientadora Dra. Helena Lage Ferreira, que não poupou esforços e se mostrou sempre interessada no meu desenvolvimento científico e pessoal, obrigado pela confiança. À minha avó Mary e minhas tias Rose e Raquel. Ao Dr. Paulo Anselmo
more » ... Felippe, professor de graduação e grande amigo, pessoa que despertou meu interesse pela pesquisa. À Julia, minha grande irmã. Não existem palavras para expressar o que criamos nesses 2 anos, você me ajudou em todos os momentos e sempre me apoiou, até mesmo nos momentos mais difíceis, sempre com muita clareza e muita paciência. Essa é uma daquelas amizades que acontece poucas vezes. Não sei se algum dia conseguirei te agradecer por tudo. Ao Alexandre, grande parceiro para qualquer tipo de conversa. À Laís, amiga desde a primeira semana do mestrado, pessoa pela qual criei grande carinho, durante esses 2 anos, passamos por momentos de desespero e extrema alegria. Ao Guilherme, que sempre me ajudou e que também se tornou um grande amigo. À Patrícia Tatemoto, irmã de VPS, com toda certeza, jamais esquecerei das caminhadas, partos na suinocultura, nossas risadas, nossas conversas e jantares na casa. Ao Fernando e Júlio, considero vocês demais. Ao Thiago e David, grandes amigos que ganhei na pós e que levarei para a vida toda. À Marisol, Luana e Mariana, amigas que tornaram minhas noites na casa do VPS muito mais divertidas, sempre dispostas a escutar e a conversar sobre todos os assuntos, isso me fará muita falta. À Bruna, que mesmo conhecendo a pouco tempo se tornou uma grande amiga. Aos amigos do laboratório: João, Bruna, Jéssica, Lucas, Geovanna, Alessandra, Lívia, Carol e Izabelle. Ao Nuno, grande amigo e de uma clareza surpreendente sobre a vida. À todo o pessoal do LVA da UNICAMP: Leo, Gabi, Carol, Paulo e Matheus. Em especial o Leo, que me ajudou várias vezes e que foi de vital importância para a realização deste trabalho. À Professora Dra. Clarice Weis Arns, por permitir a utilização do espaço e dos equipamentos do LVA e pelos ensinamentos. Ao LANAGRO pelas doações de ovos SPF, e à Maria Angela Orsi, por todos ensinamentos. Às Professoras Trícia e Lara, sempre atenciosas e dispostas a auxiliar. Ao Diogo e Júlio, amigos de Ilha Solteira. À Lívia, minha fisioterapeuta, que tornou essa jornada menos dolorosa, literalmente. À Prof. Msc Diana Nascimento, grande amiga e com toda certeza grande responsável pelo meu ingresso na pós-graduação Ao Prof. Msc Marcelo Castro, eterno mestre. Ao Prof. Dr. Reinaldo Orsi, um professor excepcional e um grande amigo. Ao Marcelo e Pedro, irmãos de graduação e que mesmo com o passar dos anos a amizade continua a mesma. Ao Professor Dr. Paulo Eduardo Brandão, que sempre se mostrou disposto a me auxiliar e pessoa por quem tenho grande admiração. Ao Danival, pessoa que sempre me ajudou no VPS. À CAPES pela bolsa. À todos que colaboraram direta ou indiretamente com a realização do meu trabalho, assim como meu crescimento profissional e pessoal. À você, que por qualquer motivo estiver lendo este trabalho. ABSTRACT SIMÃO, R. M. Molecular detection and characterization of avian coronavirus in samples from captive birds. [Molecular detection and characterization of avian coronavirus in samples from captive birds]. 2017. 58 f. Dissertação (Mestrado em Ciências) -Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Wild birds are an important reservoir of different viruses that can affect poultry. Viral surveillance in wild birds is, thus, extremely important to ensure the poultry heal in Brazil. In recent years, the number of species of birds in which avian coronaviruses have been found skyrocketed in several countries. However, few studies involving the detection of avian coronaviruses in captive wild birds or wild life birds were conducted in Brazil. Thus, the present study aimed to identify the presence of avian coronaviruses in Brazil and characterize them molecularly. Samples were tested by RRT-PCR test for detection of the UTR gene of IBV, as well as a nested-PCR for detection of S1 gene. In total, 300 samples of wild birds (147 oropharyngeal swabs and 153 cloacal swabs) were tested. In total, 27 samples were positive in RT-PCR assay. Two positive samples in RRT-PCR assay were selected for Nextgeneration sequencing. In both sequenced samples, co-infection with infectious bronchitis virus and Newcastle disease virus was found. The analysis of samples showed identity with vaccinal strains used in immunization of commercial flocks circulate in wild birds and subsistence flocks.
doi:10.11606/d.10.2017.tde-17052017-160015 fatcat:lyjy6flyhjbfbc6smqm3nsb3pa