Los equinos colombianos son una especie de gran importancia social, cultural y comercial, pero el desconocimiento de su potencial genético ha limitado los programas de selección y de mejoramiento. Para dar inicio a este proceso, se evaluó la variabilidad genética de 264 caballos pertenecientes a las razas equinas caballo criollo colombiano, paso fino colombiano y trocha pura colombiana. La caracterización alélica, se hizo con seis marcadores moleculares tipo microsatélite (ASB17, AHT4, AHT5,

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... 4, HMS3 y HMS6) para un posterior estudio poblacional. El análisis genético de los seis microsatélites indica alto polimorfismo alélico para el locus ASB17 con 18 alelos, siendo el menos variable es el HTG4, con siete alelos; el número promedio de alelos fue de 9,83. Las frecuencias alélicas muestran que las poblaciones están representadas por pocos alelos. Para determinar la variabilidad genética en la población, se calculó la diversidad génica He 0,773 y Ho 0,765 indicando una alta variabilidad. Por otra parte, se encontró una alta diversidad genética en los caballos de Cundinamarca, con un coeficiente de endogamia FIS0,0011. Para los casos de filiación, los loci AHT4 y HMS3 demostraron ser los más informativos por sus altos valores en la probabilidad de exclusión; sin embargo, el valor de probabilidad acumulada de 0,9543 con los seis marcadores relativamente bajo. Se recomienda cambiar los marcadores AHT4 y HMS6 por otros más informativos y aumentar el número de marcadores en el caso de su uso en pruebas de paternidad.