Nematogenyidae é composto por uma única espécie endêmica do Chile Central; Trichomycteridae, seu grupo-irmão, é a segunda família mais diversificada de Loricarioidea e possui ampla distribuição pela região Neotropical. Estas famílias formam o clado mais basal de Loricarioidea e, por esta razão, são da maior importância para o entendimento das intrarelações da superfamília, e desta com os demais siluriformes. Entretanto, muitas destas questões ainda não foram esclarecidas satisfatoriamente,

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... ialmente dentro de Trichomycteridae. Vários fatores contribuem para esta situação, entre eles, o ainda escasso conhecimento de vários de seus sistemas morfológicos, como o muscular. Um estudo comparativo da