Methoden und Algorithmen für die Systems Biology Graphical Notation [article]

Tobias Czauderna, Universitäts- Und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, Martin-Luther Universität, Schreiber, Falk, Prof. Dr., Kummer, Ursula, Prof. Dr.
2018
Die Systems Biology Graphical Notation (SBGN) ist ein Standard für die visuelle Darstellung von Prozessen und Netzwerken in der Systembiologie. Drei SBGN-Sprachen (PD, ER und AF) ermöglichen es, verschiedene Aspekte biologischer Systeme in unterschiedlichen Detailstufen als SBGN-Karten darzustellen. In dieser Dissertation werden Methoden und Algorithmen zur Unterstützung der Arbeit mit SBGN-Karten beschrieben. Dabei werden Aspekte wie die Übersetzung von Stoffwechselweg-Karten der
more » ... in SBGN PD-Karten einschließlich automatischen Layouts und die Umwandlung von SBGN PD-Karten in SBGN AF-Karten besprochen. Zusätzlich wird das Konzept der SBGN Bricks, wiederverwendbarer Module, die spezifische biologische Prozesse repräsentieren, vorgestellt. Die aufgeführten Methoden und Algorithmen sowie weitere Methoden zur Arbeit mit SBGN-Karten wurden in der Software SBGN-ED implementiert. Anhand einiger Beispiele wird die Anwendung der entwickelten Methoden und Algorithmen dargestellt.
doi:10.25673/1416 fatcat:cehoeh37evcthgodz623jyiyue