The structural bioinformatics library: modeling in biomolecular science and beyond

Frédéric Cazals, Tom Dreyfus
2017 Bioinformatics  
Motivation: Software in structural bioinformatics has mainly been application driven. To favor practitioners seeking off-the-shelf applications, but also developers seeking advanced building blocks to develop novel applications, we undertook the design of the Structural Bioinformatics Library (SBL, http://sbl.inria.fr), a generic C++/python cross-platform software library targeting complex problems in structural bioinformatics. Its tenet is based on a modular design offering a rich and
more » ... framework allowing the development of novel applications requiring well specified complex operations, without compromising robustness and performances. Results: The SBL involves four software components (1-4 thereafter). For end-users, the SBL provides ready to use, state-of-the-art (1) applications to handle molecular models defined by unions of balls, to deal with molecular flexibility, to model macro-molecular assemblies. These applications can also be combined to tackle integrated analysis problems. For developers, the SBL provides a broad C++ toolbox with modular design, involving core (2) algorithms, (3) biophysical models, and (4) modules, the latter being especially suited to develop novel applications. The SBL comes with a thorough documentation consisting of user and reference manuals, and a bugzilla platform to handle community feedback. Availability: The SBL is available from http://sbl.inria.fr Résumé : Motivation: Le logiciel pour la bioinformatique a essentiellement été motivé par les applications. De façon à satisfaire les utilisateurs cherchant des applications clef en main, mais aussi les developpeurs ayant besoin de briques logicielles afin de créer de nouvelles applications, nous avons développé la Structural Bioinformatics Library (SBL, http://sbl.inria.fr), une librairie générique C++/python cross-platform. Elle offre un design modulaire et un environnement riche en briques algorithmiques complexes, sans compromis sur la robustesse et les performances. Resultats: La SBL offre quatre compartiments logiciels. Pour les utilisateurs en fin de chaîne, elle propose des (1) applications permettant de manipuler des modèles moléculaires définis par des unions de boules, d'explorer la flexibilité des molécules, et de modéliser de gros assemblages. De plus, son design rend aisé la combinaison de ces applications, permettant de mener à bien des analyses intégrées. Pour les développeurs, la SBL propose une boite à outil C++ à large spectre, au design modulaire, avec (2) algorithmes, (3) modèles biophysiques, et (4) modules, ces derniers rendant trivial le développement de nouvelles applications. Par ailleurs, une documentation exhaustive est proposée (user et référence manuels), ainsi qu'une plate-forme bugzilla pour la gestion des bogues. Accès:: rendez-vous sur http://sbl.inria.fr Mots-clés : Bioinformatique structurale, logiciel scientifique, librairie scientifique
doi:10.1093/bioinformatics/btw752 pmid:28062450 fatcat:xsrgbzmonbb5jfhmtqie4futym