Ein beträchtlicher Teil der biologischen Forschung des 17. Jahrhunderts betrifft die Anatomie und Physiologie des Magendarmkanals. Aselli entdeckte 1622 die Chylusgefäße und begründete in zahlreichen Versuchen die experimentelle Methode für das Studium der Darmresorption. Pecquet beschrieb 1647 den Ductus thoracicus und die Cisterna chyli beim Hunde. Mit dieser Entdeckung versetzte er der noch immer fest verwurzelten GALENischen Resorptionstheorie den Todesstoß. Nicht den Gekrösevenen, sondern

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... usschließlich den Venae lacteae, den Chylusgefäßen, schrieb man nun die Aufnahme des Nahrungsbreies zu. Die Entdeckung des Blutkreislaufes durch Harvey (1628) zeigte die Blutversorgung aller Organe in völlig neuem Lichte und nötigte die Ärzte und Naturwissenschafter zu einer generellen Uberprüfung der GALENischen Physiologie. Die anatomische Beschreibung der Ausführungsgänge des Pankreas (Wirsung 1641) und der Speicheldrüsen (Wharton 1655, Stensen 1669) lenkte das Interesse der Forscher auf das Studium der Drüsenfunktion und Drüsensekrete. Dann folgte das klassische Werk Malpighis über die Struktur der Eingeweide. Die altehrwürdigen, von Aristoteles, Erasistratos und Galen übereinstimmend zu den blutartigen Körperteilen gezählten Viscera wurden mit einem Schlage in die neuentdeckte Gruppe der Drüsenorgane eingereiht.