El ratón leonado es un micromamífero perteneciente al orden Rodentia, familia Muridae, subfamlia Murinae y género Apodemus Kaup, 1829. El género Apodemus parece estar más próximo al género Tokudaia que a los géneros Mus, Rattus o Micromys (Michaux et al., 2002), y consta de 15 especies (Liu et al. 2004) ampliamente distribuidas por el mundo. Las especies del género Apodemus pueden clasificarse en dos subgrupos: el Apodemus, que incluiría a A. agrarius, A. semotus y A. peninsulae y el subgrupo

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... lvaemus que englobaría A. uralensis, A. flavicollis, A. alpicola, A. sylvaticus y A. hermonensis. Siendo la posición de A. mystacinus ambigua, ya que podría incluirse en Sylvaemus o en un subgénero diferente, Karstomys (Michaux et al., 2002). La separación entre estos grupos taxonómicos (Apodemus y Sylvaemus) parece que ocurrió hace 7 u 8 millones de años, y dentro de cada subgénero alrededor de 5.4-6 m.a. en el caso de Apodemus y 2.2-3.5 en las especies del subgénero Sylvaemus (Michaux et al., 2002).