Dans la systématique actuelle, Metorchis constitue avec Pseudamphistoma la sous-famille des Metorchiinae M. Lühe 1908, de la fam. des Opisthorchiidae (A. Looss 1899 sub. fam.) M. Lühe 1901. Metorchis A. Looss (1899, p. 564-565) a été créé avec M. albidus (Max. Braun 1893) comme type ; comme autres espèces, Looss y admit alors : M. truncatus (Rudolphi), M. conjunctus (Cobbold), M. crassiusculus (Rudolphi), M. amphileucus (Looss) et M. campula (Cobbold) ; il y ajouta en outre les formes décrites

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... ar M. Kowalewski (1898) sous les noms : « Opisthorchis crassiuscula Rud., var. (? = s.p. nov. ?) Janus » et « Opisthorchis xanthosoma Crepl. ? Wag., var. (?) compascua ». L'acception de Metorchis fut ensuite un peu modifiée par Max Lühe (1908, p. 429), qui proposa de n'admettre dans ce genre que des formes ayant (comme les Pseudamphistoma) le pore excréteur ventral, c'est-à-dire M. albidus (M. Braun), M. crassiusculus (Rud.), M. xanthosomus (Creplin), M. compascuus (Kowalewski). Cette position ventrale particulière du pore excréteur avait été reconnue par M. Kowalewski (1898, p. 133 ; 1898, p. 71) chez son « Opisthor chis crassiusculus Janus » [c'est-à-dire M. xanthosomus (Crepl.), var.] et par S. Jacoby (1899, p. 7) chez M. crassiusculus (Rud.).