New approaches for de-novo motif discovery using phylogenetic footprinting - from data acquisition to motif visualization ; [kumulative Dissertation] [article]

Arthur Martin Nettling, Universitäts- Und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt, Martin-Luther Universität, Ivo Grosse, Peter Stadler
2018
In dieser Arbeit haben meine Kollegen und ich sechs Limitierungen in drei verwandten Themengebieten adressiert. Im ersten Themengebiet, der Datenakquisition und Datenvorbereitung, haben wir die Datenbank miRGen und den Key-Value store DRUMS entwickelt. Im zweiten Themengebiet haben wir drei Ansätze zur Verbesserung der de-novo Motivsuche mit Phylogenetic Footprinting untersucht. Wir konnten zeigen, dass es unter Verwendung von speziesübergreifenden Informationen möglich ist, den
more » ... ias in ChIP-Seq Daten zu berücksichtigen. Des Weiteren haben wir entdeckt, dass die Verwendung von unrealistischen phylogenetischen Bäumen beim Phylogenetic Footprinting zu einer robusteren Vorhersage von Sequenzmotiven führt. Schließlich haben wir ein traditionelles phylogenetisches Motivmodell um die Fähigkeit erweitert Nukleotidabhängigkeiten höherer Ordnung zu modellieren. Alle drei Ansätze führen zu einer verbesserten Vorhersage von Transkriptionsfaktorbindestellen. Im dritten Themengebiet, der Visualisierung von Sequenzmotiven, haben wir DiffLogo entwickelt, ein frei verfügbares R-Paket, spezialisiert auf die vergleichende Visualisierung von Sequenzmotiven. Jede dieser Arbeiten trägt dazu bei unser Verständnis der Genregulation als Ganzen zu verbessern.
doi:10.25673/2002 fatcat:crtvubgk7vdlxnq67rn7h4jwxu