Identification of Duck Plague Virus by Polymerase Chain Reaction

Wallace R. Hansen, Susan E. Brown, Sean W. Nashold, Dennis L. Knudson
1999 Avian diseases  
A polymerase chain reaction (PCR) assay was developed for detecting duck plague virus. A 765-bp EcoRI fragment cloned from the genome of the duck plague vaccine (DP-VAC) virus was sequenced for PCR primer development. The fragment sequence was found by GenBank alignment searches to be similar to the 3' ends of an undefined open reading frame and the gene for DNA polymerase protein in other herpesviruses. Three of four primer sets were found to be specific for the DP-VAC virus and 100% (7/7) of
more » ... ield isolates but did not amplify DNA from inclusion body disease of cranes virus. The specificity of one primer set was tested with genome templates from other avian herpesviruses, including those from a golden eagle, bald eagle, great horned owl, snowy owl, peregrine falcon, prairie falcon, pigeon, psittacine, and chicken (infectious laryngotracheitis), but amplicons were not produced. Hence, this PCR test is highly specific for duck plague virus DNA. Two primer sets were able to detect 1 fg of DNA from the duck plague vaccine strain, equivalent to five genome copies. In addition, the ratio of tissue culture infectious doses to genome copies of duck plague vaccine virus from infected duck embryo cells was determined to be 1:100, making the PCR assay 20 times more sensitive than tissue culture for detecting duck plague virus. The speed, sensitivity, and specificity of this PCR provide a greatly improved diagnostic and research tool for studying the epizootiology of duck plague. RESUMEN. Identificaci6n del virus de la peste del pato mediante la reacci6n en cadena por la polimerasa. Se desarroll6 una prueba de reacci6n en cadena por la polimerasa para detectar el virus de la peste del pato. Un fragmento EcoRI de 765 pares de bases clonado del genoma del virus vacunal de la peste del pato fue secuenciado para la obtenci6n de los iniciadores de la prueba de la reacci6n en cadena por la polimerasa. En investigaciones de alineaci6n en el banco de genes ("GenBank") se encontr6 que la secuencia del fragmento era similar a los extremos 3' de un marco de lectura abierto indefinido y al gen para la proteina de la DNA polimerasa en otros virus herpes. Se encontraron tres o cuatro grupos de iniciadores especificos para el virus vacunal y para el 100% (7/7) de los aislamientos de campo, pero no amplificaron el DNA del virus de hepatitis por cuerpos de inclusi6n de grullas. Se analiz6 la especificidad de un primer juego de iniciadores con moldes del genoma de otros virus herpes aviares, incluyendo el aguila dorada, iguila de cabeza blanca, lechuza de cuernos grandes, lechuza blanca, halc6n peregrino, palomas, aves psiticidas y pollos (virus de laringotraqueitis infecciosa), pero no se produjeron los productos finales. Por lo tanto, esta prueba de reacci6n en cadena por la polimerasa es altamente especifica para el DNA del virus. Dos grupos de iniciadores fueron capaces de detectar un fragmento de DNA de la cepa vacunal equivalente a cinco copias del genoma. Ademis, se determin6 que la proporci6n de la dosis infecciosa en cultivo celular y copias del genoma del virus vacunal de cdlulas de embri6n de pato infectadas era de 10 a 100 respectivamente, haciendo la prueba de la reacci6n en cadena por la polimerasa 20 veces mis sensible que el cultivo celular para detectar el virus. La velocidad, sensibilidad y especificidad de la prueba de la reacci6n en cadena por la polimerasa suministra una herramienta de investigaci6n y de diagn6stico altamente mejorada para el estudio de la epizootiologia del virus.
doi:10.2307/1592768 pmid:10216766 fatcat:z2huuezdfzgala4e22lupqosee