El análisis de la genealogía de alelos o haplotipos ha revolucionado en la última década el estudio de la estructura genética de las poblaciones. En la actualidad no solamente se puede estudiar la cantidad de variación genética en una población, sino también se pueden inferir los procesos que históricamente son responsables de esa estructura genética. Este enfoque está apoyado por la teoría de coalescencia que analiza los patrones de divergencia de alelos o haplotipos bajo diferentes supuestos

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... o sólo relacionados con los aspectos genéticos de las poblaciones sino también con los aspectos demográficos históricos. Estas innovaciones al estudio de la estructura genética tienen impacto en al menos dos grandes áreas de la biología evolutiva. La primera de ellas tiene que ver con los aspectos de conservación de regiones que albergan a las especies estudiadas para generar estrategias de conservación más acorde con los procesos históricos por los que han pasado las especies. La segunda de ellas está asociada a una concepción de la especie que toma en cuenta estos resultados históricos. En este trabajo presentamos los resultados de los análisis que hemos iniciado para generar una estrategia de conservación de los bosques de coníferas mexicanos usando como un sistema modelo el complejo específico formado por P. montezumae y P. pseudostrobus. Nuestros resultados muestran que ha habido patrones de fragmentación, aislamiento por distancia y eventos de ampliación del rango de estas especies han ocurrido. Además muestran que el fenómeno de hibridación introgresiva está ocurriendo entre estas especies en forma asimétrica siendo más importante el flujo génico de P. montezumae a P. pseudostrobus que viceversa.