Nilsen har doktorgrad i filosofi fra 2018 med avhandlingen Fra Prohairesis til Wille og Willkür: En historisk og kritisk studie av fri vilje hos Aristoteles, Augustin og Kant. Nilsen interesserer seg for filosofihistorie generelt og etikken og den feministiske filosofiens historie spesielt, og har saerlig forkjaerlighet for antikkens Hellas og opplysningstidens Tyskland. Han har tidligere publisert en artikkel om Elisabeth av Böhmens løsning på sinn-kropp-problemet.