Sire design power calculation for QTL mapping experiments

Antonello Carta, Jean-Michel Elsen
1999 Genetics Selection Evolution  
Estimates of sire design power for QTL mapping experiments obtained using three different methods of algebraic approximation were analysed by comparing them with the results of data simulations. Even when the binomial probability that any number of sires out of the total number of sires are jointly heterozygous at the marker and the QT loci was taken into consideration, the algebraic approximations overestimated powers. However, they could be used to rank designs differing in the number of
more » ... the number of sires if the total size of the experiment is given. The results were discussed, focusing on the assumptions made about the number of informative offspring, the balance between the two offspring sub-groups which receive the same marker allele from the sire and the distribution of the statistic. Given that a full algebraic approach would be computationally costly, data simulation can be considered a useful tool in estimating the power of QTL detection sire designs. © Inra/Elsevier, Paris QTL/ power/ simulation/ protocol design Résumé -Calcul de la puissance de détection de QTL dans un modèle « père ». Trois méthodes analytiques pour l'estimation de la puissance du protocole fille pour la détection des (!TLs à l'aide d'un marqueur flanquant ont été étudiées en comparaison avec des résultats obtenus par simulation. Ces estimations sont surestimées, même quand est prise en compte la distribution de probabilité du nombre de pères double hétérozygotes au marqueur et au QTL. Cependant, elles peuvent être utilisées pour classer des protocoles de façon relative, à taille de population totale fixée. Les résultats sont discutés en référence aux hypothèses sur le nombre de descendants informatifs, la balance entre les descendants selon l'allèle marqueur reçu de leur père, et la nature des distributions. Compte tenu du coût numérique élevé d'un calcul analytique complet, les simulations demeurent un outil efficace pour l'estimation de la puissance de ces protocoles de détection de QTL. @ Inra/Elsevier, Paris QTL/ puissance/ simulation/ planification expérimentale
doi:10.1051/gse:19990207 fatcat:imvarpqqgfhtjkpvs4qittjr44