Целью данной статьи является изучение современных подходов к управлению в государственном секторе экономики России с использованием принципов проектного управления, а также основных проблем взаимодействия государственных органов на разных уровнях управления в процессе внедрения проектных форм и управления. Выявлены основные трудности, возникающие в ходе проектного подхода к управлению в регионах и предложены соответствующие меры по их устранению.