The influence of GC/AT composition on intercalating and semi-intercalating binding of ethidium bromide to DNA

Poghos O. Vardevanyan, Ara P. Antonyan, Marine A. Parsadanyan, Mariam A. Shahinyan, Lilit A. Hambardzumyan, Margarita A. Torosyan, Armen T. Karapetian
2012 Journal of the Brazilian Chemical Society  
Os parâmetros de ligação de brometo de etídio (EtBr) com DNA em diversas proporções GC/AT foram determinados usando espectroscopia de absorção e fluorescência. Nossos dados experimentais demonstram claramente a co-existência de tipos de ligação "forte" fluorescente e não-fluorescente em baixas concentrações de EtBr. O complexo fluorescente corresponde ao modelo normal intercalante. O complexo não-fluorescente refere-se à ligação semi-intercalante de EtBr. A constante de ligação (K) e o número
more » ... pares de bases correspondentes ao sítio de ligação (n) dos tipos fluorescente (K f e n f ) e não-fluorescente (K nf , n nf ) de interações foram determinados. O tamanho médio do sítio de ligação (n) é igual a 1,5 bp (espectroscopia de absorção), e n f ca. 2 bp (espectroscopia de fluorescência). Mostrou-se que n nf é dependente da quantidade de GC e n total é independente. The binding parameters of ethidium bromide (EtBr) with DNA of various GC/AT ratios were determined using absorption and fluorescence spectroscopy. Our experimental data clearly demonstrate the co-existence of fluorescing and non-fluorescing types of "strong" binding at low concentration of EtBr. The fluorescent complex corresponds to the ordinary intercalative model. The non-fluorescent complex is referred to semi-intercalative binding of EtBr. The binding constant (K) and the number of base pairs corresponding to a binding site (n) of the fluorescent (K f and n f ) and non-fluorescent (K nf , n nf ) types of interactions were determined. The average size of binding site (n) is equal to 1.5 bp (absorption spectroscopy), and n f ca. 2 bp (fluorescence spectroscopy). It was shown that n nf is dependent on GC-content and total n is independent of it.
doi:10.1590/s0103-50532012005000076 fatcat:qo3jye67ejafrkw5mxhg6rtp7e