Секвенирование и GO аннотация транскриптома культуры клеток и тканей Rumex acetosa in vitro

M. V. Skaptsov, M. G. Kutsev, M. A. Krasnoborodkina, S. V. Smirnov, O. V. Uvarova, T. A. Sinitsyna, A. A. Kechaykin, A. I. Shmakov
2017 Turczaninowia  
В работе представлены данные секвенирования, de novo сборки и функциональная аннотация транскриптома каллусной культуры Rumexacetosa . Каллусную культуру поддерживали в течение двенадцати месяцев в присутствии бензиладенина и нафтилуксусной кислоты. Библиотеку кДНК готовили с использованием метода лигирования адаптеров по стандартному протоколу производителя секвенатора. В работе не использовали технику «shotgun», так как требовался только спектр экспрессирующих генов. Всего было получено 74067
more » ... прочтений с общим содержанием нуклеотидов 25110194 п.о. В результате сборки было получено 10169 контиг cо средней длиной 339 п.о. На основе гомологии последовательностей из общего количества контиг в категории «биологические процессы» доминировали для транскриптома каллуса: «процессы клеточного метаболизма», «процессы метаболизма азота», «биосинтетические процессы» и «процессы метаболизма органических субстанций». В категории «молекулярные функции» доминировали: «трансферазная активность», «активность связывания гетероцикличных соединений» и «активность связывания ионов». В категории «клеточный компонент» доминировали: «макромолекулярный комплекс», «органеллы», «клетка», «мембрана». По сравнению с контрольным транскриптомом полученный нами результат отличался сниженным разнообразием GO подкатегорий. Вариации в экспрессии групп генов могут являться доказательством эпигенетической изменчивости, выявленными нами в результате анализа транскриптома и GO аннотации. Пул мРНК менее разнообразен в каллусных линиях, что, видимо, связано со снижением специализации и дедифференцировкой клеток. Для пула мРНК культуры клеток R. acetosa было отмечено высокое содержание транскриптов ретроэлементов, таких как Copia и Gypsy. Подобные результаты свидетельствуют о возможном стрессовом ответе культур invitro клеток и тканей R. acetosa и высокой изменчивости генома.
doaj:ac279cdb7ce14c9aa74deb11eaf0894f fatcat:7dqvp3jz4jcx5diupch5yx7xke