Introduction : La mise en oeuvre des entrepôts de données biomédicaux (EDBM) pose des questions d'ordre juridique, déontologique et éthique. L'objectif de cet article est d'effectuer un état des lieux sur ces points et de formuler des propositions organisationnelles pour l'exploitation des EDBM. Méthodes : les auteurs ont effectué une revue de la littérature dans Pubmed, Google Scholar, Google, Science Direct. Elle a concerné des articles scientifiques, des textes de loi ou réglementaires ainsi

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... que des procédures de mise en oeuvre des systèmes publiés. Résultats : l'utilisation des données à caractère personnel pour la recherche en santé est conditionnée à l'accord des patients et à l'autorisation d'autorités de contrôle. Le patient dispose d'un droit d'information et d'un droit d'opposition. Les solutions proposées pour assurer la protection des données dans les EDBM s'appuient essentiellement sur la dé-identification des données et l'organisation des accès. Conclusion : l'information du patient reste délicate. Les procédures de dé-identification sont à améliorer et à certifier. Le chaînage des données s'avère nécessaire pour le croisement avec d'autres sources externes. L'organisation proposée par les auteurs pour l'exploitation des EDBM repose sur la mise en place de structures dédiées ainsi que sur la rédaction de documents cadre et sur la définition de procédures.