Статья посвящена вопросам совершенствования системы показателей оценки эффективности деятельности высших должностных лиц (руководителей) и органов исполнительной власти в регионах с преимущественным развитием нефтегазовых отраслей. Обоснована необходимость доработки действующей методики оценки эффективности в части учета приоритетов регионального развития. Предложен перечень показателей для оценки эффективности деятельности высших должностных лиц и органов исполнительной власти нефтегазовых регионов в сфере инновационного развития.