Μελετήθηκαν οι εξελικτικές σχέσεις μιας ομάδας γενετικά συγγενών ampelo-ιών (GLRaV-4,-5,-6,-9 και δύο νέες απομονώσεις GLRaV-Pr και GLRaV-De) με αναλύσεις γενετικής παραλλακτικότητας, θετικής επιλογής και φυλογένειες μέγιστης πιθανοφάνειας (ML). Χρησιμοποιήθηκαν ομάδες αλληλουχιών της HSP70h (Ν-τελικό τμήμα) και της CP. Οι ML τοπολογίες επιβεβαίωσαν τις στενές φυλογενετικές σχέσεις των παραπάνω ampelo-ιών (Υποομάδα Ι) και αποκάλυψαν την παρουσία πολύ μικρών δια-ειδικών εξελικτικών αποστάσεων. Η

more »

... φυλογένεια τμήματος της HSP70h, συνοδευόμενη από ανάλυση bootstrap, διευκόλυνε την αναγνώριση ειδών μέσα στην ομάδα, ενώ παρέχει ένα χρήσιμο εργαλείο για τη ταχεία ταξινόμηση των παραπάνω ιών. Οι υπολογισμοί dN/dS έδειξαν ότι, μέσα στην Closteroviridae, οι ιοί αυτοί υπόκεινται στους πιο ισχυρούς περιορισμούς αντικατάστασης αμινοξέων. Αυτό δείχνει μια ανεξάρτητη εξελικτική πορεία για τους ιούς-μέλη της ομάδας, που πιθανώς σχετίζεται με την επιτυχή τους προσαρμογή στον ξενιστή, μετάδοση με αγενή πολλαπλασιασμό και απουσία φορέων με μεγάλη αποτελεσματικότητα μετάδοσης. Οι αλληλουχίες της HSP70h χρησιμοποιήθηκαν για το σχεδιασμό νέων εκκινητών για τη γενική ανίχνευση ιών-μελών αυτής της γενεαλογίας και την ειδική διάγνωση κάθε είδους. Προσδιορίστηκε η πλήρης νουκλεοτιδική αλληλουχία του GLRaV-Pr, η οποία έχει μήκος 13.696 νουκλεοτίδια και περιλαμβάνει 7 ΑΠΑ ενώ παράχθηκε ειδικό αντίσωμα εναντίον της ανασυνδυασμένης CP του ιού. Επίσης, προσδιορίστηκε ένα τμήμα μήκους 4.319 νουκλεοτιδίων της ακολουθίας του GLRaV-De. Τα αποτελέσματα ορολογικών, γονιδιακών και φυλογενετικών αναλύσεων στηρίζουν τη μελλοντική αποδοχή των GLRaV-Pr και -De ως νέα είδη με τις πιθανές ονομασίες GLRaV-10 και -11. Συγκρίσεις αλληλουχιών έδειξαν ότι, η υποομάδα Ι εμφανίζει μεγάλη ομοιομορφία στη γονιδιακή οργάνωση και περιλαμβάνει τους μικρότερους και απλούστερους ιούς της οικογένειας Closteroviridae. Αυτή η διαπίστωση, σε συνδυασμό με τις φυλογενετικές αναλύσεις επιβεβαίωσε ότι τα είδη αυτά ακολουθούν μια ξεχωριστή εξελικτική πορεία μέσα στο γένος Ampelov [...]