Examen critique des méthodes d'estimation de la biomasse et de l'activité des microorganismes dans les systèmes aquatiques A critical examination of present methods for estimating biomass and activity of microorganisms in aquatic environments
Daniel Bonin, Marc Travers
unpublished
Bonin Daniel J., Marc Travers, 1992-Examen critique des méthodes d'estimation de la biomasse et de l'activité des microorganismes dans les systèmes aquatiques. Mar. Life, 2 (1) : 1-29. Cette revue présente d'une manière critique la plupart des nombreuses méthodes employées actuellement en limnologie et en océanographie pour estimer l'abondance, la biomasse, l'activité, la production des microorga-nismes aquatiques : bactéries, champignons, microalgues, protozoaires et métazoaires
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... La pré-cision, la sensibilité, la facilité d'emploi, le coût de mise en oeuvre sont des qualités qui doivent être prises en compte. Mais bien souvent, dans les études de type écologique, l'adéquation entre une méthode et son milieu d'application est aussi déterminée par la physiologie, le type nutritionnel, la taille des microorganismes, la den-sité des populations et par la nature du milieu lui-même (eau ou sédiment). Une même méthode avec de légères variations de son protocole peut apporter des renseignements de nature différente : activité potentielle ou réelle, croissance réelle ou seulement apparente. En définitive, il n'existe aucune méthode idéale qui pour-rait être considérée comme universelle, mais un champ très vaste de techniques dont chacune doit être choisie en toute connaissance et en fonction du but de l'étude et du problème initialement posé. De plus, comme les renseignements fournis par chacune d'elles restent obligatoirement partiels, il est conseillé de faire appel à plu-sieurs méthodes complémentaires. ABSTRACT Bonin Daniel J., Marc Travers, 1992-A critical examination of present methods for estimating biomass and activity of microorganisms in aquatic environments. Mar. Life, 2 (1) : 1-29. This critical review covers most of the numerous methods presently used in limnology and oceanography to eslimate the abundance, biomass, activity and production of microorganisms (bacteria, microalgae, microscopic fungi, protozoa and metazoa) in aquatic systems. Accuracy, sensitivity, ease of use and cost are among the factors to be taken into account. However, in ecological studies, the appropriateness of a method is very often defined by the physiology, nutritional type and size of the organisms, and also by the nature of the environment, whether water or sediment. In addition, slight variations in the experimental procedure for a particular technique may alter the type of information provided (e.g. potential or actual activity, apparent or actual growth). In short, there is no perfect method which can be considered universal, but a large range of methods among which some have to be chosen with full consideration of their potential and according to the problem to be solved. Furthermore, the information provided by any one method is necessarly incomplete, and the use of several complementary techniques is therefore recommended. BONIN D.J., M. TRAVERS-2-SOMMAIRE
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