Introducción: Los objetivos del trabajo fueron: Caracterizar la variabilidad morfológica y genética del cacao tradicional cubano para clasificarlo en los grupos tradicionales y genéticos del cultivo, Caracterizar morfológica y molecularmente las especies de Phytophthora, causantes de la podredumbre oscura de la mazorca en Cuba. Métodos: El cacao tradicional cubano se caracterizó con 33 descriptores morfológicos cualitativos y se amplificó el ADN con los 15 microsatélites estándares del cacao

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... a su caracterización genética. Con el programa structure se determinó la estructura poblacional y se clasificó en los 10 grupos genéticos del cacao. Con estos resultados se seleccionaron las plantas para la colección núcleo mediante el algoritmo de máxima diversidad genética. Se estudiaron cepas de Phytophthora aisladas de frutos enfermos, se caracterizaron morfológicamente al microscopio y se extrajo el ADN para su análisis filogenético al amplificar la β-tubulina, TEF1-α e ITS. Resultados: Se observó que las plantas cubanas tienen una alta variabilidad morfológica y una baja variabilidad genética. Se clasificaron en siete grupos genéticos, pero la mayoría constituyen una mezcla entre Criollo y Amelonado, lo que indica que pertenecen al grupo tradicional Trinitario. Basado en estos resultados se seleccionó una colección núcleo. Además, se estudiaron un grupo de cepas de Phytophthora aisladas de frutos enfermos de Cuba, combinando aspectos morfológicos y moleculares para identificar las especies involucradas. Conclusiones: El cacao tradicional cubano se clasificó como Trinitario, con potencialidades para el mejoramiento genético y las especies de Phytophthora que afectan fundamentalmente los frutos del cacao son P. palmivora y P. tropicalis.