The aim of this study was to identify and characterize the molecular of Bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) and other virus types, as well as the possible presence of other Herpesviridae family using PCR to amplify DNA terminase gene. Four out of 210 nose swab samples were positive for herpes virus on DNA terminase gene. Further characterization of samples showed 99-100% similarity to BoHV-1 and BoHV-6 sequence. Genetic distance between genera BoHV-1 and BoHV-6 is 0.518 and within genera was 0.001

more »

... 0.044. According to phylogenetic tree analysis of DNA terminase gene, the analyzed sequence clustered into 2 genera, namely Varicellovirus which is identical to BoHV-1 and Macavirus which is identical to BoHV-6. The study provides scientific information on molecular characteristics of Herpesviridae family, especially BoHV-1 which is prevalent in Indonesia with the highest density in the central ranches in Aceh province. ____________________________________________________________________________________________________________________ ABSTRAK Tujuan penelitian ini difokuskan pada identifikasi dan karakterisasi molekuler terhadap Bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) dan tipe lainnya, serta kemungkinan adanya anggota keluarga Herpesviridae lainnya dengan menggunakan konsensus PCR dalam mengamplifikasi gen DNA terminase. Empat dari 210 sampel usapan hidung yang di PCR menunjukkan hasil positif terhadap herpesvirus pada gen DNA terminase. Karakterisasi lebih lanjut terhadap urutan sampel menunjukkan hasil identitas 99-100% terhadap urutan referensi BoHV-1 dan BoHV-6. Jarak genetik between genera BoHV-1 dan BoHV-6 adalah 0,518 dan within genera adalah 0,001dan 0,044. Berdasarkan analisis pohon filogenetik gen DNA terminase menunjukkan bahwa urutan yang dianalisis berkelompok menjadi 2 genus, yaitu genus Varicellovirus yang identik terhadap BoHV-1 dan genus Macavirus yang identik terhadap BoHV-6. Hasil penelitian ini memberikan informasi ilmiah tentang karakteristik molekuler anggota keluarga Herpesviridae khususnya BoHVyang beredar di Indonesia secara umum dan khususnya di sentra peternakan yang ada di provinsi Aceh.