Introdução: estudos apontam maior índice de sintomas de ansiedade, depressão e estresse entre estudantes de Medicina quando comparados à população geral. O contexto da pandemia pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2) gerou uma carga adicional de estresse a estes estudantes. Objetivo: o presente artigo objetivou avaliar a saúde emocional de estudantes de medicina durante a pandemia. Método: participaram 437 estudantes, aos quais foi administrado um questionário sociodemográfico, a Escala de Afetos

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... itivos e Afetos Negativos (PANAS) e a Escala de Autocompaixão – Brasil. Resultados: a maioria (69%) é do sexo feminino, 63% reside com a família, 35% possui financiamento estudantil, 59% pratica alguma religião, 45% relatou diagnóstico de transtorno psicológico, 27% faz uso de medicamento psiquiátrico e 9% faz uso de substâncias psicoativas. Mais de 72% das mulheres e 58% dos homens apresentaram escores de afetos positivos (AP), afetos negativos (AN) e autocompaixão (AC) abaixo da média populacional. O relato de transtorno psicológico e uso de medicamentos psiquiátricos demonstrou-se significativamente associado a menores índices de AP (respectivamente, p<0,0001 e p=0,030) e AC (p<0,001 em ambos) e maiores índices de AN (p<0,001 em ambos). Conclusão: os resultados apontam maior vulnerabilidade da saúde psicológica dos estudantes de Medicina durante a pandemia e indicam a importância da adoção de medidas que visem o bem-estar emocional no âmbito institucional.