Les aliments fermentés existent depuis des milliers d'années. L'optimisation et la diversification des procédés fermentaires, menées en diverses parties du monde, l'ont été sans que l'homme n'ait la moindre conscience de l'existence et du rôle des microorganismes dans ces transformations. L'enjeu était de sécuriser l'approvisionnement en nourriture en allongeant la durée de conservation des matières premières, d'en améliorer les gouts et les textures et parfois même de les rendre simplement

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... stibles alors qu'elles ne l'étaient originellement pas. C'est en 1865 seulement que Pasteur lève le voile sur les acteurs microscopiques de ces fermentations. Jusqu'en 1990 environ, les approches biochimiques et pasteuriennes prévalent, et permettent de décrire divers aliments fermentés, ainsi que les techniques d'ensemencement traditionnelles, tout en étant limitées par la complexité des écosystèmes et des cascades métaboliques en présence. La deuxième grande révolution est celle des outils moléculaires à partir des années 1990 et plus récemment encore des «omics». En faisant « parler » l'ADN et l'ARN présent dans les matrices, ainsi que le génome de nombreuses espèces fermentaires, ces outils permettent enfin d'entrer au coeur de ce dialogue, ancestral, entre microorganismes et aliments. Pour autant, de nouvelles questions se posent et constituent les challenges de demain pour la conception de ferments sûrs, sains et fonctionnels. Abstract: Ferments and foods: a long story rich in teachings Fermented foods exist for millenaries. In numerous regions of the world, the process was optimized and diversified without any awareness of the existence of microorganisms. The purpose was by empirical know how to be able to store longer raw material in order to secure food availability, to improve taste and texture, and sometimes to render raw material simply edible. In 1865, Pasteur demonstrated that microorganisms were the key actors of these transformations. Until 1990, biochemistry and classical microbiology were used to describe the fermentative process. However the complexity of metabolic cascades involved makes any mechanistic explanation very hard to reach. From 1990 to now, revolutionary molecular tools have been applied to fermented foods and starters, in particular for dairy products. By exploring DNA and RNA present in these matrices, these new technologies allow to enter in the ancestral dialog between microorganisms and food, and to deeply know the starters that are now most often added to standardized process. Still new questions emerged as new challenges for scientists to be able to define more complex starters, healthy, safe, and with predictable functionalities.