Bu çalışmada, doğal olarak enfekte olmuş farklı hayvan türlerine ait beyin numunelerinde klasik kuduzun teşhisi için real-time RT-PCR testi değerlendirildi. Çalışma materyalini Elazığ Veteriner Kontrol Enstitüsü'ne 2011 yılı boyunca Türkiye'nin Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgelerinde bulunan Elazığ, Malatya, Diyarbakır, Mardin, Tunceli, Muş, Bingöl, Batman, Şırnak, Hakkâri ve Bitlis illerinden getirilen 36 köpek, 13 sığır, 6 koyun, 6 eşek, 4 at, 4 tilki, 3 kurt, 2 kedi ve 1 keçiye ait toplam 75

more »

... det kuduz hastalığı şüpheli beyin numunesi oluşturmuştur. Farklı hayvan türlerine ait beyin numunelerinden kuduz virüsü genomunu tespit etmek amacıyla klasik kuduz virüsüne özgü primer ve TaqMan prob seti kullanıldı. Bu primer ve prob seti, beyin numunelerine real-time RT-PCR testi optimize edilerek uygulandı. Laboratuvara ulaşan beyin numunelerine floresan antikor tekniği (FAT) ve deneme hayvanı inokulasyonu (MIT) testleri ile birlikte real time RT-PCR testi de yapıldı. Real-time RT-PCR testi ile 75 beyin numunesinin 53'ünde kuduz virusuna ait spesifik viral RNA tespit edildi. Otoliz olmuş 3 adet köpek beyni numunesine FAT ve MIT uygulanamazken, real-time RT-PCR testi sonucunda bu numunelerin birinde kuduz virusuna ait spesifik viral RNA tespit edildi. Taze (n=72) beyin dokularından etçillerde C. ammonis, otçullarda Cerebellum'dan elde edilen homojenatlara direkt FAT testi uygulandı, 72 beyin numunesinin 51'inde viral antijenler tespit edildi. Aynı homojenatlardan MIT yöntemiyle 72 beyin numunesinin 52'inde virüs izolasyonu sağlandı. Taze beyin numunelerinden elde edilen MIT testi sonuçlarının, real-time RT-PCR testi sonuçları ile tam uyum gösterdiği (%100) görüldü. Sonuç olarak, klasik kuduz teşhisinde direkt beyin dokusuna uygulanan real-time RT-PCR testinin, hem FAT ve MIT uygulanamayan otoliz olmuş numunelerde güvenle kullanılabileceği ve hem de alt yapısı sağlanmış laboratuvarlarda invitro şartlarda FAT için doğrulayıcı test olarak da kullanılabileceği tespit edilmiştir. Summary In this study; the real-time RT-PCR assay was evaluated for laboratory diagnosis of classical rabies in post mortem brain samples from naturally infected different animals species. The material consisted of 75 suspected brain samples brought from 11 different provinces, belonging Eastern and Southeastern Anatolia region, including Elazig, Malatya, Diyarbakir, Mardin, Sirnak, Batman, Tunceli, Muş, Bingol, Hakkari and Bitlis in year of 2011. These samples were from 36 dogs (33 normal, 3 autolytic), 13 cattle, 6 sheep, 6 donkeys, 4 horses, foxes, 3 wolves, 2 cats , and one goat. The samples were autolytic in 3 of 75 (4%), whereas 72 (96%) of 75 samples were freshly arrived to the laboratory. Due to badly autolysis of 3 samples, they could not be examined by fluorescent antibody test (FAT) and mouse inoculation test method (MIT). Seventy two of 75 samples were tested with both fluorescent antibody test (FAT) and mouse inoculation test method (MIT), whereas all the samples (75 of 75) were examined by optimizing real-time RT-PCR assay in which the primary for classical rabies virus and TaqMan prob set were used. Fresh brain homogenates from Cornu ammonis in carnivores and Cerebellum in herbivores were used for FAT and MIT. As a result, 51 of 72 samples were positive with FAT, 52 of 72 samples with MIT, whereas 52 of 72 were positive in real-time RT-PCR. In fresh brain samples, with MIT results in mouse brain, real time RT-PCR test results showed complete relation each other. As both fluorescent antibody test (FAT) and mouse inoculation test method (MIT) could not be applied to the autolytic samples, the real time RT-PCR assay was the only choice. Consequently, real-time RT-PCR assay could be utilized in autolytic samples conveniently as well as confirmatory to FAT in in vitro conditions.