STRUKTURNÍ DATABÁZE ORGANICKÝCH A ANORGANICKÝCH STRUKTUR

J Ha
unpublished
Keywords: struc tural da ta bases, or ganic com pounds, organo meta lic compounds, pro teins, struc ture analys Ab stract The da ta base of ex per i men tally de ter mined struc tures of or ganic and organometallic com pounds con tain ing more than 400 thou sands of struc tures is a ba sic source of in for-ma tion on the de tailed struc ture of mol e cules nec es sary in chem is try, phar ma col ogy, struc ture bio chem is try and tech-nol ogy. The pa per re views the sci en tific tools of
more » ... tific tools of fered by CSD and gives in for ma tion on avail abil ity of da ta base and the re lated soft ware in the Czech Re pub lic. Abstrakt Strukturní databáze experimentálnì stanovených orga-nických a organometalických slouèenin, obsahující nyní více než 400 tisíc experimentálnì stanovených struktur, je základním zdrojem informací o detailní struktuøe molekul, které jsou nezbytné v chemii, farmakologii, strukturní biochemii, technologii. Èlánek podává pøehled o mož nostech, které souèasný systém Cambridgeské struk-turní databáze (CSD) poskytuje a informuje o dostupnosti strukturní databáze a navazujícího sofwaru v Èeské republice. 1. Úvod Cambridgeská strukturní databáze je základním zdrojem informací o molekulární struktuøe a mezimolekulárních interakcích experimentálnì ovìøených v pevné fázi. V souèasné dobì databáze obsahuje 401 tisíc slouèenin. Zhruba ve 230 tisíci pøípadech jde o strukturu komplexù vytváøených organickými molekulami. Soft ware dodávaný v rámci systému CSD umožòuje pomìrnì snadnou analýzu tìchto mezimolekulárních interakcí a umožòuje tak napøíklad racionální pøístup k návrhu nových dobøe strukturnì definovaných molekulárních systémù. Vìtšina struktur obsažených v databázi je stanovena rentgenovou difrakcí na monokrystalových vzorcích. Menší èást (1230 struktur) je stanovena pomocí práškové difrakce nebo pomocí neutronové difrakce (1331 struktur). Je vhodné mít na pamìti, že experimentálním výsledkem øešení struktury pomocí rtg difrakce je rozložení elektronové hustoty v molekule a tedy, že polohy atomù uvádìné v databázi jsou støedy jejich elektronových hustot. U neutronové difrakce jsou výsledkem získaným z experimentu polohy atomových jader. Tento fakt je významný zejména pokud nám jde o vodíkové atomy, kde u rtg difrakce vidíme elektronovou hustotu centrovanou v jiné poloze než je pro ton mìøený neutronovou difrakcí. Také je vhodné pøipomenout, že rtg difrakce jednoz-naènì øeší problém absolutní konfigurace a že data baze obsahuje 6291 jednoznaènì stanovených opticky aktivních slouèenin. Z hlediska studia slabých mezimolekulárních interakcí je CSD atraktivním zdrojem nových poznatkù ukazujících realitu. Vìtšina obje vovaných interakcí "nov-ého typu" byla zpravidla zøejmých již mnoho desítek let pøed jejich objevem prostým prohléd nu tím experimentálnì namìøených struktur obsažených v CSD.
fatcat:rw2qyfrvizdatlpa5shxedf76m