1. Лаборатория Структуры и Функций Генов Человека, ИБХ РАН 2. Биологический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова, кафедра Молекулярной биологии Результаты Цели исследования После секвенирования генома человека начался поиск функциональных последовательностей:  1.2% генома кодирует белкитранскрибируется 60-95% генома  менее 5% РНК (RNA pol II) экспортируется в цитоплазму  последовательность белок-кодирующих генов человека и нематоды отличается лишь на 30% Гипотеза : нкРНКрегуляторный механизм,

more »

... ветственный за «усложнение» в ряду многоклеточных ??? В ЛСФГЧ ИБХ ведется работа по изучению области 19 хромосомы, расположенной между генами FXYD5 и ZBTB32. Показано, что в клетках линии HEK293 область ATP4A-KIAA 0841  Гипометилирована  Хроматин открыт Транскрибирует ли клетка фрагмент из локуса ATP4A-KIAA0841 (сhr19)? Если да, то какая у этой РНК последовательность? Задачи исследования 1. Выделение тотальной РНК из клеточной линии HEK 293. Построение первых цепей кДНК. 2. Определение 3' и 5' концевой последовательности кДНК методом SMART nested Step-Out RACE. 3. Анализ тканеспецифичности транскрипции исследуемой РНК на панелях первых цепей кДНК из клеточных линий и тканей методом qPCR 4. Биоинформатический анализ полученных данных. Методы исследования Выводы 1. Методом SMART Step-out RACE идентифицирован новый сплайсированный полиаденилированный транскрипт, 5'конец которого локализован в интроне гена ATP4, а 3' конец находится на расстоянии более 20 тысяч пар оснований. Данный транскрипт внесен в базу данных Genbank ( идентификатор GU595397). 2. Данные биоинформатического анализа показывают, что найденный транскрипт является некодирующим. 3. Исследована тканеспецифичная экспрессия данной РНК. Показано, что она транскрибируется тканеспецифично в скелетной мышце, а также на низком уровне -в селезенке и толстом кишечнике. Продемонстрирована слабая экспрессия на клеточных линиях аденокарциномы шейки матки (HeLa), эмбриональных клетках почки человека (HEK 293) и иммортализованных человеческих кератиноцитах (HaCaT). Локализация транскрипта в геноме BLAT, UCSC Genome Browser Наличие участков, гомологичных геномным повторам, в структуре транскрипта Анализ возможности формирования вторичных структур (шпилек) Чем «краснее» шпилька на обоих диаграммах, тем с большей вероятностью она являтся стабильной