RESUMEN Este trabajo tuvo como objetivo determinar el perfil genético de los equinos nativos de los humedales del Ñeembucú y su área de influencia, en la Republica del Paraguay. El estudio se realizo a partir de la información molecular derivada de 23 marcadores microsatélites. Se estudio un total de 29 equinos nativos de los cuales 17 pertenecen a la zona de los humedales del Ñeembucú (MBH), 7 a la zona de Paraguari (MAH) y 5 a la zona del Chaco (MCH). Se evaluó diversos parámetros como ser

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... tenido de Información Polimórfica (PIC) y Número medio de alelos por locus, Heterocigosidad observada (Ho), y esperada (He) y equilibrio de Hardy Weinberng de cada población. Se detecto un total de 180 alelos (7,826 alelos por locus). Mayormente los loci fueron polimórficos. La variabilidad genética de las poblaciones estudiadas fue estimada mediante la Heterocigosidad Esperada, presentando un valor de 0,788. El número medio de alelos por población fue ligeramente superior en el MBH, sin embargo la población MAH reportó un mayor valor en la Heterocigosis Esperada. Los valores de Heterocigosidad Esperada y Heterocigosidad Observada en las poblaciones MAH, MCH y MBH fueron de 0,811 a 0,801; 0,795 a 0,782 y 0,759 a 0,762 respectivamente. Es posible concluir que los equinos nativos de los humedales del Ñeembucú presentan una elevada variabilidad genética a pesar de ser una muestra pequeña.