Ribeirão Preto pela estrutura oferecida para minha formação na pósgraduação. Agradeço aos funcionários do Departamento, em especial à Susie, sempre disposta a ajudar. Agradeço à CAPES pela bolsa de Mestrado oferecida para a realização deste trabalho e todo o suporte financeiro. Agradeço a disposição da banca para avaliar e discutir o presente trabalho. Agradeço à FAEPA pelo apoio financeiro dado ao projeto, principalmente para a participação em congressos. Agradeço aos meus grandes amigos:

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... , Daniel, Luiza, Renato, Caninha e Edward pela dedicação, força, incentivos e amizade sem igual. Agradeço aos demais amigos do Grupo de Bioinformática: Luciano, Pablo, Nilson, Gabi e Fernando pela amizade, apoio e pelo convívio durante esse anos. Agradeço aos meus pais, Decio e Janice pela educação, pelos ensinamentos, por todo o esforço que fizeram para eu estar aqui e por toda a ajuda que me deram e dão sempre. Agradeço às minhas irmãs Flávia e Camila, pela amizade, pelo apoio incondicional. Agradeço à minha noiva, Juliane, por todo o amor, carinho, apoio, compreensão e paciência ao longo desses 8 anos. Agradeço à minha sogra, D. Terezinha pela amizade, apoio e consideração de sempre. Agradeço ao meus sobrinhos, Mari, João e Carol por todo carinho e alegria que proporcionam a esse tio orgulhoso Agradeço ao meu cunhado Rodolfo, pela amizade, companheirismo e apoio. A toda a minha família que sempre apoiou minhas decisões e sempre se manteve ao meu lado em todos os momentos. Aos colegas do laboratório da Profª Catarina e Profª Elza pelo companheirismo e amizade. Agradeço aos amigos de condomínio: Luciano, Matão, Dawit, Mixelã, Fausto, Mercadante e os demais que passaram por lá. Agradeço ao Prof. Dr. Ademilson E. Espencer Soares pela amizade e companheirismo de sempre. Em fim, agradeço a todos que de alguma forma, direta ou indiretamente, colaboraram na realização deste Muito obrigado a todos! ABSTRACT Breve, A. L. S. In Silico Prediction of Microorganism Motifs with Identity to Human Autoantigens. 2010. Thesis (Master). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Ribeirão Preto, 2009. The origin of autoimmune diseases is multifactorial. It involves environmental conditions and genetic predisposition that difficulties its identification. Several researchers have studied the association between infectious agents and autoimmunity, which can be initiated by a process named molecular mimicry. In this case, cross immune responses involving self antigens have been documented. This project aims to search in silico for associations between microorganisms epitopes and human autoantigens. The first step was the identification of similarities in amino acid sequences between microorganisms epitopes and human autoantigens by use of sequence local alignment performed by the program blastp. The sequences of the microorganisms epitope and the human autoantigens had been previously acquired in the Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) and Genbank, respectively. The modeling of protein structures for the antigen and autoantigen was also carried out to show the best alignment values, based on the E-value, using the programs Modeller and Rosetta. Finally, the prediction of epitopes was performed by use of NetMHC and NetMHCII softwares to evaluate the possibility of microorganisms epitopes and human autoantigens join the same HLA alleles. Similarities of protein sequences was found for both. It was possible to observe affinity of 4 HLA alleles between an epitope from LSA-1 Plasmodium falciparum antigen and the myosin, suggesting an association between them, reaching the goal of this work.