Dynamics analysis of coupled synthetic genetic repressilators
Анализ динамических режимов взаимодействующих синтетических генетических репрессиляторов

Iliya Sergeevich Potapov, Evgeny Izrailevich Volkov
2010 Компьютерные исследования и моделирование  
Получено 28 октября 2010 г. В работе изучена динамика двух искусственных генетических осциллятороврепрессиляторов, -связанных диффузией аутоиндуктора. Выбрана модель генетической сети, в которой производство, диффузия и ген-мишень для аутоиндуктора обеспечивают расталкивающее взаимодействие между фазовыми точками. Исследовано появление периодических режимов, устойчивых неоднородных стационарных состояний в зависимости от главных бифуркационных параметров: силы связи и скорости синтеза мРНК.
more » ... зано, что добавление в генетическую схему аутоиндуктора приводит к исчезновению предельного цикла через бифуркацию бесконечного периода в изолированном осцилляторе, если скорость синтеза мРНК велика. Найден гистерезис между предельным циклом и стационарным состоянием, размер которого зависит от соотношения времен жизни мРНК и белков. Взаимодействие двух осцилляторов приводит к появлению устойчивого противофазного предельного цикла, который может переходить в хаотический режим через «тор-хаос» или путем каскада Фейгенбаума. Ключевые слова: осциллятор, генетическая сеть, аутоиндуктор, бифуркационный анализ Abstract. -We have investigated dynamics of synthetic genetic oscillators -repressilators -coupled through autoinducer diffusion. The model of the system with phase-repulsive coupling structure is under consideration. We have examined emergence of periodic regimes, stable inhomogeneous steady states depending on the main systems' parameters: coupling strength and maximal transcription rate. It has been shown that autoinducer production module added to the isolated repressilator cause the limit cycle to disappear through infinite period bifurcation for sufficiently large transcription rate. We have found hysteresis of limit cycle and stable steady state the size of which is determined by ratio between mRNA and protein lifetimes. Two coupled oscillators system demonstrates stable anti-phase oscillations which can become a chaotic regime through invariant torus emergence or via Feigenbaum scenario.
doi:10.20537/2076-7633-2010-2-4-403-418 fatcat:hilhex6kjre7ldly4rslb2nalq