Molecular and cultural analysis of seasonal actinomycetes in soils from Artemisia tridentata habitat Análisis molecular y cultural de actinomicetos estacionales en suelos del hábitat de Artemisia tridentata
Gonzalez-Franco Ac, L Robles-Hernandez, A Nuñez-Barrios, J Strap, D Crawford
unpublished
In order to understand the temporal dynamics of ac-tinomycete communities of the rhizosphere of the desert plant Ar-temisia tridentata (sagebrush), two complementary methods were used. They were: (1) 16S rDNA-based PCR coupled with denatur-ing gradient gel electrophoresis (DGGE), and (2) an agar plate enu-meration methodology in which three different media were used to quantify total bacteria, actinomycetes, and fungi. The objective of this research were: (1) to obtain a comprehensive picture
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... the structure of actinomycete populations, and (2) their dynamics in the rhizo-sphere of young and old sagebrush plants during two distinct seasons. PCR-DGGE analysis showed that actinomycete groups were less diverse in rhizosphere soils collected in winter than in bulk soils. On the other hand, rhizosphere soil of A. tridentata young plants (RSYP) collected in spring showed an enrichment of actinomycete diversity and/or selection of unique actinomycete populations. This was not the case with the actinomycete populations detected in the rhizosphere soil of old plants (RSOP) in the same season. In this later case, a shift in the dominant bands on PCR-DGGE gels was observed between seasons. Finally, the enumeration analysis showed that actinomycete counts tended to be higher in spring, while total bacteria counts were higher in winter. Although strong soil type effects were detected, more research in the unexplored environment of sagebrush rhizosphere is necessary. Resumen. Para comprender la dinámica estacional de las comuni-dades de actinomicetos en la rizosfera de la planta desértica Artemisia tridentata (sagebrush), se emplearon dos métodos complementarios: (1) PCR basado en el DNAr 16S acoplado con electroforesis de geles con gradientes desnaturalizantes (DGGE), y (2) la metodología de enu-meración en placas de agar en la cual se utilizaron 3 medios diferentes para cuantificar bacterias totales, actinomicetos y hongos. Los objetivos de esta investigación fueron: (1) obtener una mayor comprensión de la estructura de las poblaciones de actinomicetos, y (2) determinar su di-námica en la rizosfera de plantas de sagebrush jóvenes y viejas en dos estaciones del año. El análisis de PCR-DGGE mostró que los grupos de actinomicetos fueron menos diversos en suelos obtenidos en invierno asociados a la rizosfera en comparación a aquellos que no estaban asocia-dos. El efecto de la rizosfera para enriquecer la diversidad de actinomice-tos y/o selección de poblaciones únicas de actinomicetos fue observado en suelos de rizosfera de planta joven (RSYP) obtenidos en primavera; dicho efecto fue menor en suelos rizosféricos de plantas viejas (RSOP) de la misma estación. En este último tipo de suelo, se observó un cambio en las bandas dominantes en geles de PCR-DGGE entre estaciones. Finalmente, el análisis de plaqueo mostró que el número de actinomice-tos fue mayor en primavera, mientras que el de las bacterias totales fue mayor en invierno. Aún cuando se detectó un fuerte efecto del tipo de suelo, se generó información relevante que urge más investigación en el ambiente inexplorado de la rizosfera de sagebrush. Palabras clave: poblaciones microbianas, actinomicetos estacio-nales, PCR-DGGE, suelo rizosférico, Artemisia tridentata, plantas desérticas.
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