MOLECULAR DIAGNOSTICS OF YERSINIA RUCKERI
МОЛЕКУЛЯРНА ДІАГНОСТИКА YERSINIA RUCKERI

Yu. Rud, I. Tsyganok
2014 Ribogospodarsʹka Nauka Ukraïni  
Інститут рибного господарства НААН, м. Київ І. O. Циганок, bykofffka@mail.ru, ННЦ Інститут біології, Київський національний університет імені Тараса Шевченка, м. Київ Мета. Проаналізувати нуклеотидні послідовності гену 16S рРНК вірулентних штамів Yersinia ruckeri та розробити метод молекулярної експрес-діагностики збудника єрсініозу. Методика. За допомогою алгоритму ClustalW у програмному забезпеченні MEGA версії 6.0 було проаналізовано нуклеотидні послідовності гену 16S рРНК вірулентних штамів
more » ... вірулентних штамів Y. ruckeri. Для розроблення молекулярної експрес-діагностики Y. ruckeri використовували метод полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР). Підбір олігонуклеотидних праймерів здійснювали у програмному забезпеченні VectorNTI11 та онлайн-сервісі BLAST. Продукти ампліфікації були досліджені за допомогою методів секвенування та аналізу нуклеотидних послідовностей. Результати. На основі ПЛР розроблено метод молекулярної експрес-діагностики збудника єрсиніозу, бактерії Y. ruckeri. Показано, що специфічні олігонуклеотидні праймери продукують амплікони розміром 600 пар нуклетидів. Продукти ПЛР досліджено секвенуванням та показано, що праймери фланкують ділянку мішені ампліфікації. Наукова новизна. В межах висококонсервативного гена 16S рРНК бактерій Yersinia виділено локус ДНК, до якого підібрано олігонуклеотидні праймери для експресдіагностики вірулентного штаму Y. ruckeri. Практична значимість. Експрес-діагностика єрсиніозу дозволить ідентифікувати збудника цього інфекційного захворювання, бактерію Y. ruckeri, та здійснювати профілактичні або лікувальні заходи в рибогосподарських підприємствах України. Ключові слова: Y. ruckeri, експрес-діагностика, ПЛР. ПОСТАНОВКА ПРОБЛЕМИ ТА АНАЛІЗ ОСТАННІХ ДОСЛІДЖЕНЬ І ПУБЛІКАЦІЙ Y. ruckeri -це збудник єрсиніозу або ентеричної хвороби «червоного рота» (enteric redmouth disease, ERM), що спричиняє значні економічні збитки в аквакультурі лососевих риб. Вперше збудник цього інфекційного захворювання був виділений у США в 1950 роках [1]. До теперішнього часу єрсиніоз діагностовано в країнах Північної Америки, Австралії, Південної Африки та Європи. І хоч даний збудник було виділено від багатьох видів риб, найбільш уразливими є представники лососевих, а саме райдужна форель Oncorhynchus mykiss [2 -7]. Бактерії Y. ruckeri є представником родини Enterobacteriaceae. Це грамнегативні короткі палички з заокругленими кінцями. Їхній розмір становить близько 0,75 мкм у товщину та 1 -3 мкм у довжину. Ці бактерії не утворюють спори та не капсулюються, але інколи можуть мати джгутик і від цього залежить їх рухливість. Як й інші представники Enterobacteriaceae, бактерії Y. ruckeri ферментують глюкозу, є оксидазо-позитивними та нітрат-відновлюючими. Біохімічно єрсинії можна ідентифікувати за допомогою тестів на присутність β-галактозидази, лізин-та орнітин-декарбоксилаз, натомість реакції на індол та
doi:10.15407/fsu2014.02.069 fatcat:jwxg253ho5g7bagxutneeaxv4y