Sequencing a 903 nucleotide carA gene of Salmonella typhi obtained through PCR employing Ca-3 and Ca-6 primers

Ari Rudiretna, A.S. Noer, Sarjono Kisman, Oei B. Liang
1998 Medical Journal of Indonesia  
Abstrak Salmonella typhi adalah bakteri patogen penyebab demam tifuid pada mattusia dan informasi mengenai gen yang bertanggutxg jawab pada patogenitas belum diketahui. Penelitian ini merupaknn bagian dari penelitian yang bertujuan utuk isolasi dan karakterisasi gen-gen S. typhi yang spesifik atau diekspresi hanya in vivo untuk pemahaman mekanisme molekuler penyakit demam tifuid, terutama pada tingkat DNA. Gen ivi (in vivo induced) Salmonella typhimurium yang ditemukan dengan cara IVET (in vivo
more » ... cara IVET (in vivo expression technology) yang berperan pada patogenesis penyakit tifuid pada mencit, digunakan untuk identifikasi gen S. typhi yang dimaksud. Makalalt ini mendiskusikan sekuens nukleotida S. typhi sebesar 0,9 kb, fragmen hasil amplifikasi PCR menggunaka.n primer CA-3 dan CA-6. Primer dirancang berdasarkan sekuens nukleotida gen struktural carA dari E. coli KI2, dan dipergunakan r.mtuk amplifikasi ekstensi bagian fragmen DNA sebesar 618 bp yang sebelumnya pernah dilaporkan. Fragmen 0,9 kb dianalisa menggunakan ensim restriksi Hinfl datr Sau3I dan diklon ke dalam MosBIue E. coli dengan menggunakan vektor pMosBlue T. Sisipan plasmid rekombinan diisolasi menggunaknn ensim restriksi BamHI dan NdeI dan disekuens dengan cara Sanger menggunakan primer universal T7, CA-3, CA-4 dan CA-6. Hasil sekuensing menunjukkan fragmen DNA 0,9 kb terdiri dari 903 bp. Analisa sekuens nukleotida dari fragmen DNA 903 bp ini dan menggabungkannya dengan sekuens dari fragmen 618 bp yang telah dilaporkan, menunjukkan bahwa gen carA yang lengkap dan sebagian kecil gen carB dari S. typhi telah diuraikan. Abstract Salmonella typhi rs a pathogenic bacteria that causes typhoidfever in man and information regarding genes responsible for pathogenicity had not been known. This research had been part of a larger design with the objective to isolate and characterize S. typhi genes that are specific'or expressed only in vivo. lt is principalLy an effort to understand the moLecular mechanism, especially at the DNA lelel, of the typhoid disease. The ivi (in vivo induced) genes of Salmonella typhimurium, discovered through IVET (In Vivo Expression Technology), that are thought to be intimately related to the pathogenesis mechanisrn of typhoid like diseases in mice were used in the identification of the intended S. typhi genes. This paper will discuss the nucleotide sequence of a 0.9 kD S. typhi PCR fragment amplified using CA-3 and CA-6 primers. These primers were designed based on the nucleotide sequence of the structural carA gene of E. coli Kl2 and can be used to ampLify part of the extension of the 618 bp DNA fragment reported before. The 0.9 kb fragment was analyzed using Hinft and Sau3l restriction enzymes, then cloned into E. coh MosBIue using the pMosBlue T vector. The insert of the recombinant pLasmids was isolated using BamHI and Ndel restriction enzymes and sequenced by the dideory Sanger method using universal, T7, CA-3, CA-4 and CA-6 primers. The results of all these sequencing experiments had shown without any doubt, that the insertthe 0.9 kb S. typhi DNA fragmentconsisted of 903 bp. Analysing the nucleotide sequence of the 903 bp fragment and combining this with the nucleotide sequence of the previously reported 618 bp DNAfragment, reveal.e.d that the compLete carA gene and a smaLl part of the carB gene ofS. typhi had been elucidared. Suppl 1 -1998 Sequencing a 903 nucleotide car{ gene of
doi:10.13181/mji.v7isupp1.1129 fatcat:sp2oyawwxbagjimgcwok7oqieq