Comparative analysis of avian leukosis virus-related endogenous viral genes in experimental strains of the domestic chicken

M Tixier-Boichard, L Durand, M Morisson, F Ricard, G Coquerelle
1994 Genetics Selection Evolution  
DNA sequences related to avian leukosis virus (ev genes) were identified in the genome of chickens from 6 experimental strains including 3 randombred lines (Wyandotte, Fayoumi and White Leghorn), 2 divergently selected Rhode Island Red lines and a synthetic broiler line. Digestion of genomic DNA with Sad and BamHI enzymes and hybridization with either RAV-2 sequences or an LTR-gag probe revealed 66 different SacI bands, 53 of which could be associated with particular BamHI bands such that the
more » ... nds such that the ev loci could be defined at the molecular level. The distribution patterns were very strain-specific. Average band frequency and heterozygosity level could be correlated with the genetic history of the lines and their inbreeding level which varied from 0.04 to 0.28. Withinfamily segregation did not show any allelic relationship between retroviral insertions that were considered to be 2 genes. The Fayoumi line showed the largest variation in ev number per bird and contained a few birds free of any endogenous viral sequences, designated ev0. The broiler line showed the highest ev number. Very few ev loci were shared by different lines; only ev6 was found in all strains. Comparison with the established classification in White Leghorns was not straightforward and further analysis of DNA polymorphism and viral expression is needed. chicken / DNA polymorphism / genetic variability / endogenous retrovirus Résumé -Analyse comparative des gènes viraux endogènes apparentés aux virus leucosiques aviaires dans des lignées expérimentales de poule domestique. Les gènes viraux endogènes (ev) apparentés aux virus des leucoses et sarcomes aviaires ont été identifiés sur un échantillon de reproducteurs et de leurs descendants issus de 6 populations expérimentales de poule qui différaient par leur origine génétique (Leghorn blanche, Wyandotte, Fayoumi, 2 lignées de Rhode Island Red, une lignée synthétique de poule de chair notée Yll), leur niveau moyen de consanguinité (estimations de 0,04 à 0,28) et la sélection subie. La digestion de l'ADN génomique par les enzymes SacI ou BamHI suivie de l'hybridation avec les sondes RAV ou LTR-gag dérivées du virus du sarcome de Rous a révélé 66 fragments avec Sac7 dont 53 ont pu être associés avec un fragment BamHI afin de caractériser les gènes ev au niveau moléculaire. Chaque population a présenté une distribution qui lui est propre. Les différences de fréquences géniques et d'hétérozygotie sont assez bien reliées aux taua de consanguinité des populations. L'étude de la ségrégation familiale n'a montré aucune relation d'allélisme entre ce que nous avions considéré comme 2 gènes ev. Le nombre de gènes ev par animal était particulièrement variable dans la souche Fayoumi qui présentait quelques animaux sans copies virales endogènes (notés ev0). La souche Y11 a montré le plus grand nombre d'insertions virales. Les populations d'origine génétique différente ont très peu de gènes ev en commun ce qui n'a pas permis le calcul d'une distance génétique; seul le gène ev6 est partagé par toutes, fait remarquable dont la signification est discutée. Parmi les 53 loci identifiés avec 2 enzymes de restriction, la majorité apparaît différente des gènes ev déjà décrits dans la souche Leghorn blanche actuellement utilisée comme référence pour la nomenclature internationale. poulet / polymorphisme d'ADN / variabilité génétique / rétrovirus endogène INTRODUCTION
doi:10.1186/1297-9686-26-s1-s53 fatcat:rsg5c3fg3vbc7durv2hs5ychvy