Using functional genomics approaches in identifying molecular determinants of coffee quality. A review

Thierry Joët, David Pot, Lucia Pires Ferreira, Stéphane Dussert, Pierre Marraccini
2012 Agricultures  
Identification des déterminants moléculaires de la qualité du café par des approches de génomique fonctionnelle. Une revue Composition de la graine et qualité du café La graine des espèces cultivées de caféier (Coffea arabica et C. cane-phora) est une semence à albumen (appelé endosperme dans les revues scientifiques de langue anglaise) cellularisé dont le développement requiert 8 à 10 mois (figure 1). Après la fécondation et jusqu'à mi-développement, la graine est exclusivement constituée
more » ... ent constituée Résumé La saveur du café implique le développement d'arômes lors de la torréfaction à partir de précurseurs biochimiques présents dans la graine de caféier. La caractérisation des voies de biosynthèse des principaux composés de réserve de la graine, ainsi que l'identification des gènes clés associés, permet donc d'identifier les déterminants moléculaires de la qualité. Cette revue décrit le développement récent des outils moléculaires et des connaissances génomiques chez le caféier. À travers la description des travaux de recherche ciblés sur la régulation du métabolisme des sucres, des acides chlorogéniques et de la caféine, les différentes approches de génomique fonctionnelle, et leurs complémentarités, sont illustrées. Abstract Using functional genomics approaches in identifying molecular determinants of coffee quality. A review The coffee seed contains all the necessary precursors to generate the full complement of coffee aromas and flavours. Coffee seed reserves are composed mainly of cell wall polysaccharides, lipids, proteins, sucrose and secondary metabolites including chlorogenic acids, caffeine and trigonelline. Because all of these compounds are involved in the complex chemistry of coffee roasting, understanding coffee quality ultimately requires a detailed characterization of the metabolic pathways dedicated to the synthesis of these aroma/flavour precursors which includes the transcriptional regulation for the genes encoding the relevant enzymes. This review focuses on the latest advances regarding functional genomics and its use in deciphering metabolic pathways that occur during coffee seed development.
doi:10.1684/agr.2012.0548 fatcat:jeaxs4z5wfh7rdieh665bpbidq