Molecular methods for bacterial genotyping and analyzed gene regions

ibrahim Yildirim
2011 Journal of Microbiology and Infectious Diseases  
Bacterial strain typing is an important process for diagnosis, treatment and epidemiological investigations. Current bacterial strain typing methods may be classified into two main categories: phenotyping and genotyping. Phenotypic characters are the reflection of genetic contents. Genotyping, which refers discrimination of bacterial strains based on their genetic content, has recently become widely used for bacterial strain typing. The methods already used in genotyping of bacteria are quite
more » ... acteria are quite different from each other. In this review we tried to summarize the basic principles of DNAbased methods used in genotyping of bacteria and describe some important DNA regions that are used in genotyping of bacteria. J Microbiol Infect Dis 2011;1(1):42-46. Bakteri genotiplendirmesinde kullanılan moleküler yöntemler ve incelenen gen bölgeleri ÖZET Bakteri tiplendirilmesi tanı, tedavi ve epidemiyolojik araştırmalar için önemli bir süreçtir. Mevcut bakteriyal suş tiplendirme yöntemleri iki ana kategoride sınıflandırılabilir: fenotipleme ve genotipleme. Fenotipik karakterler genetik içeriğin yansımasıdır. Bakterilerin genetik içeriklerine bağlı olarak sınıflandırılması olan genotiplendirme son dönemlerde bakteri tiplendirmesinde sıklıkla kullanılmaktadır. Bakteri genotiplendirmesinde kullanılan yöntemler birbirlerinden oldukça farklıdır. Bu derleme ile bakteri genotiplendirmesinde kullanılan DNA temelli yöntemlerin temel prensiplerini özetlemeye ve bakteri genotiplendirmesinde kullanılan DNA bölgelerini açıklamaya çalıştık. Anahtar kelimeler: Bakteriyel genotiplendirme, pulsed-fieled jel elektroforezi, internal transcribed region (ITS)
doi:10.5799/ahinjs.02.2011.01.0011 fatcat:24hd4pmqqjchjo7fq3cayi6iae