Profil marka molekuler atau sidik jari DNA dapat digunakan dalam kegiatan identifikasi varietas, pengawasan kemurnian genetika plasma nutfah, dan pelengkap dokumen perolehan hak kekayaaan intelektual. Analisis sidik jari DNA tanaman kedelai di BB Biogen-Balitbangtan telah dilakukan sejak tahun 2004 dengan menggunakan marka simple sequence repeat (SSR) yang diautomatisasi dengan mesin genetic analyzer CEQ 8000 berbasis sistem elektroferesis kapiler. Metode ini telah menghasilkan profil sidik

more »

... DNA dari sebagian besar varietas yang diuji, namun set markanya belum pernah dikembangkan untuk mengidentifikasi varietas secara efisien. Tujuan penelitian adalah mengembangkan set marka SSR untuk identifikasi varietas unggul kedelai Indonesia. Penelitian menggunakan 42 varietas unggul kedelai yang dianalisis dengan 14 marka SSR berflouresen yang bersifat acak. Sebanyak 168 alel diperoleh dari analisis polimorfisme dengan rerata nilai polymorphic information content (PIC) tiap lokusnya sebesar 0,7337. Berdasarkan parameter tingkat reproduksi marka, nilai PIC, jumlah alel jarang, frekuensi alel dominan, dan tingkat keberhasilan deteksi fragmen SSR oleh genetic analyzer, teridentifikasi lima marka SSR, yaitu Satt414, Satt147, Satt308, Satt009, dan Satt516, sebagai set marka identifikasi. Set marka identifikasi ini dapat digunakan untuk menyusun identitas (ID) dari 42 varietas unggul kedelai Indonesia. ABSTRACT Profile of molecular marker can be used for variety identification, genetic purity monitoring of germplasm and additional requirement in proposing intellectual property protection. DNA fingerprinting of soybean had been applied at the ICABIOGRAD-IAARD since 2004 using simple sequence repeat (SSR) markers which were run automatically by CEQ 8000 Genetic Analyzer platform based on capillary electrophoresis system. This method had produced unique DNA fingerprints of the varieties tested, but the marker set to efficiently identify the varieties had not yet been developed. This study aimed to develop a set of SSR markers as a tool to identify the Indonesian soybean varieties. Fourty two soybean varieties were analyzed using 14 random SSR markersA total of 168 alleles that were obtained from the polymorphism analysis. The average of polymorphic information content (PIC) value observed was 0.7337 per SSR locus. Based on marker reproducibility rate, PIC value, number of rare alleles, frequency of dominant alleles, and percentage of SSR fragment detected by genetic analyzer, we identified five SSR markers i.e. Satt414, Satt147, Satt308, Satt009, and Satt516 as a SSR marker set to be used for soybean variety identification purposes. This marker set was used to develop the identity (ID) of the 42 Indonesian soybean varieties.