Antarctic plant rbcL and ITS2 sequencing for determination of possibility in DNA barcoding
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании

V. Duplij, Institute of Cell Biology and Genetic Engineering of NAS of Ukraine, N. Matvieieva, A. Shakchovsky, O. Kishchenko, L. Kurbatova, Institute of Cell Biology and Genetic Engineering of NAS of Ukraine, Institute of Cell Biology and Genetic Engineering of NAS of Ukraine, Institute of Cell Biology and Genetic Engineering of NAS of Ukraine, Komarov Botanical Institute, RAS
2012 Ukraïnsʹkij antarktičnij žurnal  
Реферат. Оптимизирована методика выделения суммарной ДНК для ряда растений Антарктики, культивируемых in vitro. Изучена возможность использования применяемых в ДНК-штрихкодировании праймеров для амплификации участков хлоропластной и ядерной ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) растений Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch
more » ... archangelicum Bruch & Schimp. (2 образца), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. Показано, что праймеры, специфичные к гену rbcL и межгенному спейсеру ITS2, могут быть использованы в ДНКштрихкодировании как для сосудистых растений, так и для мохообразных Антарктики. Секвенированы амплифицированные участки гена rbcL и межгенного спейсера ITS2, по сиквенсам этих участков один из исследуемых образцов был определен с точностью до вида, а три образца -с точностью до рода. Секвенування послідовностей rbcL та ITS2 антарктичних рослин для визначення можливості їх використання у ДНК-штрихкодуванні. Дуплій В.П., Матвєєва Н.А., Шаховський А.М., Кіщенко О.М., Курбатова Л.Є. Реферат. Оптимізовано методику виділення загальної ДНК для ряду рослин Антарктики, що культивуються in vitro. Вивчено можливість застосування відповідних праймерів для ампліфікації ділянок хлоропластної і ядерної ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) рослин Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 зразки), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. з метою подальшого використання цих ділянок для ДНКштрихкодування. Показано, що зазначені праймери можуть бути використані для ампліфікації гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2 як судинних рослин, так і мохоподібних Антарктики. Секвеновано ампліфіковані ділянки гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2, за сіквенсами цих ділянок один з досліджуваних зразків було визначено до виду, а три -до роду. Antarctic plant rbcL and ITS2 sequencing for determination of possibility in DNA barcoding. Duplij V., Matvieieva N., Shakchovsky A., Kishchenko O., Kurbatova L. Abstract. The extraction technique of total DNA of Antarctic plants cultivated in vitro was optimized. The possibility of application of used in DNA barcoding primers for amplification of chloroplast and nuclear DNA (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) of Antarctic plants such as Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 samples), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. was investigated. It was shown that primers for rbcL gene and intergenic spacer ITS2 can be used in DNA barcoding both Vascular plants and Bryophyta of Antarctica. After the sequence analysis of rbcL and ITS2 one sample has been determined to within a species, and three samples to within a genus.
doi:10.33275/1727-7485.10-11.2012.306 fatcat:ecofwr2tbvc3pdhd2bkv27g4k4