摘要:生物类群的历史分异时间长期是生物学研究的基础和热点问题。相比经典的贝叶 斯节点定年,新近提出的贝叶斯支端定年在理论上具有诸多优势。特别配合石化生灭过 程模型的使用, 贝叶斯支端定年有望能更准确地推断类群的历史分异时间。 借助 BEAST 2 等软件包,本文较为详细地展示贝叶斯支端定年的基本操作步骤和要点,希望对该方 法的使用者提供一定借鉴。 关键词:贝叶斯支端定年,BEAST 2,分异时间,分子钟 研究背景 生物类群的历史分异时间一直是生物学研究的基础和热点问题。但由于逝去历史的诸多 不确定性,如何准确推断分异时间长期以来也面临各种挑战。伴随分子数据的涌现、化 石信息的积累、以及演化模型 (如分子钟) 的发展,贝叶斯定年法近些年得到了广泛关 注和应用。该方法将置换模型、演化速率、类群分异过程等纳入一个整体的统计学分析 框架中,将化石信息纳入先验模型,从而估算类群的绝对历史分异时间。 常用的贝叶斯定年方法可以分为两类,一类是节点定年 (node dating),另一类是支 端定年 (tip dating),其主要区别在于如何利用化石的信息。节点定年法把化石信息转化 为概率分布来校准系统发生树上的部分内部节点,继而估计其它内部节点的分异时间