Los problemas que pueden existir gracias al manejo que se da en el Cerrejón han dado como resultado el deterioro de la fauna y flora de las regiones afectada; no obstante, gracias a la Política de Seguridad, Salud, Medio Ambiente y Comunidades que ofrece la compañía, se puede afirmar que dicha empresa se interesa por escuchar propuestas las cuales disminuyan el impacto ambiental que conlleva dicha actividad minera. Entre las problemáticas encontradas una de las mayores son los incendios

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... es provocados por la autocombustión del carbón el cual al estar mezclados con el material estéril en algún momento tiende a subir temperaturas, ya que este carbón ha si extraído de su entorno y ha entrado en contacto con el oxígeno y con agentes externos que provocan la combustión. Hay que prestar atención al posible riesgo de su combustión espontánea debido a la presencia de carbón en los estériles y en la reacción exotérmica de oxidación de las piritas. Dados los contenidos habituales de carbón (< 5 %), si los rellenos están adecuadamente compactados, y el contenido de aire es muy bajo, puede excluirse de combustión espontánea. Un ejemplo de combustión espontánea se produjo en el terraplén entre los pp.kk. 414/850 al 415/130 de la Línea Madrid-Barcelona por Caspe. En 2006, se hizo un estudio geológico-geotécnico del terraplén que presentaba un proceso de inestabilidad debido a la combustión continua del material constituyente del núcleo, afectando a un tramo de 45 m de vía con un espesor de relleno de hasta 8 m. Al tratarse de un relleno localizado la medida correctora adoptada fue la sustitución y construcción de un nuevo terraplén.