Identification of the atypical bacterial strain Streptococcus intermedius that caused brain abscess in the patient using Sanger sequencing of the 16S rRNA gene from the DNA extracted from a pus sample
Идентификация нетипичного бактериального вида Streptococcus intermedius, вызвавшего абсцесс головного мозга, секвенированием по Сэнгеру гена 16S рРНК из ДНК образца гноя

M. A. Gordukova, Yu. V. Divilina, O. V. Mishukova, E. V. Galeeva, A. P. Prodeus, M. L. Filipenko
2017 Bulletin of Russian State Medical University  
ИДЕНТИФИКАЦИЯ НЕТИПИЧНОГО БАКТЕРИАЛЬНОГО ВИДА STREPTOCOCCUS INTERMEDIUS, ВЫЗВАВШЕГО АБСЦЕСС ГОЛОВНОГО МОЗГА, СЕКВЕНИРОВАНИЕМ ПО СЭНГЕРУ ГЕНА 16S РРНК ИЗ ДНК ОБРАЗЦА ГНОЯ Представлено описание клинического случая: наблюдали девочку в возрасте 14 лет 11 мес с абсцессом головного мозга, для которого не удалось установить возбудителя стандартными микробиологическими методами. До и в течение периода госпитализации у ребенка отсутствовала лихорадка, а многие антибиотики вызывали аллергические
more » ... в связи с чем диагностика и терапия инфекции были затруднены. Пациентке были выполнены три операции. Четырежды производили посев гноя из абсцесса, но ни разу не наблюдали роста культуры. Дважды проводили ПЦР-анализ, но в обоих случаях результаты исследования были отрицательными. Тогда был амплифицирован и секвенирован по Сэнгеру ген 16S рРНК из образца ДНК, экстрагированной из гноя. С помощью программы BLAST была показана высокая гомология (99 %) определенной последовательности с последовательностью гена 16S рРНК бактерии Streptococcus intermedius (штамм ChDC B589, KF733728.1), для которой ранее была описана роль в развитии абсцессов головного мозга. Терапия ex juvantibus против этого микроорганизма, начатая еще до получения результатов секвенирования, привела к положительной динамике и купированию процесса у ребенка. Таким образом, в отдельных случаях секвенирование может являться практически единственным способом идентификации потенциального возбудителя. Ключевые слова: абсцесс головного мозга, Streptococcus intermedius, 16S рРНК, секвенирование по Сэнгеру, лабораторная диагностика Для корреспонденции: Гордукова Мария Александровна Шмитовский пр-д, д. 29, г. Москва, 123317; ma.gordukova@dgkb-9.ru 1 Клиническая диагностическая лаборатория, Детская городская клиническая больница № 9 им. Г. Н. Сперанского, Москва 2 Лаборатория фармакогеномики, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск
doi:10.24075/brsmu.2017-04-09 fatcat:4dz2ndp3ure2bdok4d7vqjszvy