Myelodysplastisches Syndrom oder reaktive Zytopenie? Einsatz des targeted Next Generation Sequencing für ein häufiges diagnostisches Dilemma [article]

Vanessa Julia Meca, Universitaet Tuebingen, Fend, Falko (Prof. Dr.)
2022
Unter den MDS versteht man eine Gruppe von heterogenen klonalen Knochenmarkerkrankungen, die durch eine periphere Zytopenie charakterisiert sind. Für die Diagnose eines MDS müssen zytologische Kriterien wie eine Dysplasie in einer hämatopoetischen Zelllinie von mindestens 10% vorhanden sein. Dies stellt für den erfahrenen Untersucher oft eine Herausforderung dar, da dysplastische Veränderungen auch bei einer reaktiven Anämie oder bei gesunden älteren Individuen auftreten können. Ziel der
more » ... führten Studie war es daher, Mutationen mittels des tNGS zu identifizieren, die mit einem MDS assoziiert sind und diese von Mutationen abzugrenzen, die bei Patienten mit einer peripheren Zytopenie ohne ein MDS auftreten. Auch sollte in dieser Studie untersucht werden, ob bestimmte Mutationen mit einem Progress des MDS assoziiert sind. Des Weiteren sollte die Methode des tNGS nach Ion Torrent am FFPE-Knochenmarkgewebe etabliert werden. Hierfür wurden 39 Knochenmarkproben, die im Archiv der Pathologie als FFPE-Material vorlagen und auf die Fragestellung eines MDS untersucht worden waren, ausgewählt. Die Probanden wurden in die Studiengruppen reaktive Zytopenie, ICUS, ICUS mit Dysplasiezeichen, low grade MDS, MDS-EB und MDS mit Übergang in eine AML eingeteilt. Nach der DNA-Extraktion mit dem Maxwell 16 FFPE Plus LEV DNA Purification Kit und Überprüfung der DNA auf ihre Amplifizierbarkeit wurden mit dem neu designten MDS-Panel Libraries generiert. Das MDS-Panel enthielt Primer zur Vervielfachung von DNA-Abschnitten in SETBP1, SF3B1, SRSF2, U2AF1, ZRSR2, ASXL1, DNMT3A, IDH1, IDH2, RUNX1, FLT3, TP53, CBL, N-RAS und K-RAS. Die Libraries wurden nach der Methode von Ion Torrent mit dem Ion Torrent PGM sequenziert. Die Datenanalyse erfolgte mit der Torrent Suite, dem Ion Reporter und der IGV-Software. Die identifizierten Varianten wurden mittels Einzelamplikonanalyse auf Mutationen überprüft. Eine Validierung der detektierten Varianten mittels Einzelamplikonanalyse kann notwendig sein, wenn die Varianten mit einer niedrigen Allelfre [...]
doi:10.15496/publikation-69834 fatcat:ygqcxp4oarayxaatkvt7k3gyt4