A osteologia do crânio e a musculatura que movimenta as maxilas de Megaxenops parnaguae foram estudadas e comparadas com a maioria dos gêneros e espécies de Furnariidae. Foram analisados 137 espécimens de Furnariidae, 13 de Dendrocolaptidae e 4 de Formicariidae. A osteologia craniana foi estudada em 144 espécimens, enquanto a musculatura que movimenta as maxilas em 10 espécimens. Megaxenops parnaguae apresentou o processo pósorbital menos desenvolvido e o mais curto rostroesfenóide; Megaxenops

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... presentou similaridades osteológicas cranianas principalmente com Philydor, Hyloctites e Automolus. Os Synallaxinae e os Philydorinae compartilharam uma característica: a sutura nasofrontal é limitada à porção mediana da maxila superior. Não foi observada qualquer característica compartilhada entre Philydorinae e Furnariinae. Em relação à musculatura que movimenta as maxilas, M. parnaguae mostrou similaridades com as duas espécies do gênero Philydor analisadas. Todavia, M. Parnaguae difere das demais espécies estudadas, pois apresenta três feixes no M. adductor mandibulae externus rostralis medialis e uma aponeurose de inserção (XIII) a mais no M. pterygoideus ventralis lateralis. Além disso, M. Parnaguae mostrou muitas diferenças nessa musculatura em relação às demais espécies analisadas.