Se determinó la estructura y variación genética de 18 poblaciones silvestres y tres domesticadas de chile (Capsicum annuum L.) del noroeste de México con isoenzimas y RAPDs. El análisis con isoenzimas se basó en 12 loci polimórficos de nueve isoenzimas. Todas las poblaciones mostraron altos niveles de variación genética (A = 2.72, P = 90.8 %, He = 0.445 para las poblaciones silvestres; y A = 2.60, P = 84.6 %, He = 0.404, para las poblaciones domesticadas). La mayor proporción de la variación

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... ética se encontró dentro, más que entre poblaciones. Sin embargo, la diferenciación fue mayor entre las poblaciones domesticadas (GST = 0.167) que entre las silvestres (GST = 0.056). El análisis con los RAPDs efectuado con diez iniciadores produjo un total de 166 bandas, todas polimórficas en las poblaciones silvestres. De 126 bandas 25 fueron polimórficas en las poblaciones domesticadas. El porcentaje de polimorfismo promedio fue 34.2 y 34.7 en las poblaciones silvestres y domesticadas, respectivamente. La diversidad genética promedio y total fue 0.069 y 0.165 para las poblaciones silvestres y 0.081 y 0.131 para las poblaciones domesticadas. El AMOVA mostró que la diversidad genética total fue distribuida igualmente entre (50.0 y 48.9 %) y dentro (50.0 y 51.1 %) de las poblaciones silvestres y domesticadas. Las poblaciones silvestres y domesticadas se separaron claramente en el dendrograma UPGMA construido con los datos de las isoenzimas (DG promedio = 0.182) y con el AMOVA (17.2 % de la varianza estuvo entre tipos de poblaciones, P ≤ 0.001). Las distancias genéticas considerables encontradas entre variedades (DG promedio = 0.212 con isoenzimas) sugiere que los cambios asociados con la domesticación han ocurrido en direcciones diferentes.