AFLP and AMP Fingerprints as Markers to Evaluate Genetic Differences between Medicago truncatula Line Jemalong and 2HA, a New Line Produced by in vitro Culture Selection

R. R. Irwanto, R. J. Rose
2008 ITB Journal of Science  
A new line, Medicago truncatula cv. Jemalong 2HA (herein known as 2HA) has been developed via repetitive regeneration and selection of M. truncatula cv. Jemalong. During somatic embryogenesis, 2HA produces 500 times more embryos than its progenitor, Jemalong. It is interesting to study if those two lines are isogenic or has genetic differences. The main objectives of the study was to evaluate the genotypic differences between Jemalong and 2HA also to evaluate the methylation event in 2HA
more » ... event in 2HA utilized two DNA fingerprinting techniques, i.e AFLP fingerprints (Amplified Length of Polymorphism) and AMP (Amplified Methylation Polymorphism). The results showed that AFLP analysis using eight primers combinations could not detect any differences between Jemalong and 2HA. However, using AMP methylation sensitive primers it could detect 15 polymorphisms out of 840 markers. These results lead to a conclusion that Jemalong and 2HA are isogenic lines. 2HA may have higher regeneration capacities due to methylation process which occurs during the production of 2HA through repetitive regeneration cycles. Abstrak. Line baru, Medicago truncatula cv. Jemalong 2HA (selanjutnya disebut 2HA), telah dikembangkan melalui regenerasi dan seleksi line Jemalong dalam kultur secara berulang. Pada proses pembentukan embrio somatik, 2HA menghasilkan 500 kali lebih banyak embrio dibanding dengan Jemalong. Menarik untuk diteliti apakah kedua line tersebut isogenik ataukah terdapat perbedaan genetik antara dua line tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti perbedaan genotipik antara Jemalong dengan 2HA serta mempelajari kemungkinan adanya metilasi pada 2HA. Hasil penelitian menunjukan, Hasil AFLP (Amplified Length of Polymorphism) dengan menggunakan kombinasi delapan primer tidak mendeteksi adanya perbedaan antara Jemalong dengan 2HA, tetapi dengan menggunakan AMP dengan primer sensitif metilasi menunjukan 15 polimorfisme dari 840 marker yang dihasilkan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah Jemalong dan 2HA adalah isogenik. 2HA mempunyai kemampuan regenerasi lebih tinggi diduga karena proses metilasi pada waktu proses seleksi berulang di dalam kultur.
doi:10.5614/itbj.sci.2008.40.2.4 fatcat:pedqqpi7rvdpdfhemhifhlph5u