Characterization and diagnosis of Pseudomonas fuscovaginae Miyajima, Tanii and Akita, causal agent of the Brown Sheath Rot in rice

deyanira Rivero-González, Mylene Corzo, Odaylin Plasencia, Ariel Cruz, Benedicto Martínez, Yamila Martínez
2017 Biotecnología Aplicada   unpublished
Brown sheath rot is a bacterial disease that affects rice crops virtually in all regions of production in the world, but its incidence in Cuba has not been recorded yet. Its main causal agent is the species Pseudomonas fuscovaginae, although in some countries other species producing the symptoms are reported, including Pseudomonas syringae pv. syringae. Although P. fuscovaginae is registered in group A1 of the List of Quarantine Plagues of the Republic of Cuba, it has been reported in the
more » ... l America and Caribbean region, and therefore poses a threat to the country. Therefore, the aim of this review is to provide updated information on the characterization and effective diagnosis of P. fuscovaginae. Symptoms can be detected at different stages of the crop cycle. They are seen as brown necrotic spots in the sheaths, poor panicle emergence, grain staining and sterility, although this symptomatology may vary between different geographic regions. The strains of P. fuscovaginae have biochemical-physiological variability, even in the eight tests taken as distinctive of the species. They also have antigenic and molecular variability. Therefore, its diagnosis is complex and requires a polyphasic approach combining biochemical and physiological tests, other phenotypic tests, pathogenicity testing, immunodiagnosis and molecular diagnosis with specific primers or conserved gene sequencing (rDNA 16S, rpoB, rpoD, gyrB, among others) and accessory, individual or concatenated genes. RESUMEN Caracterización y diagnóstico de Pseudomonas fuscovaginae Miyajima, Tanii y Akita, agente causal de la Pudrición parda de la vaina de arroz. La Pudrición parda de la vaina es una enfermedad bacteriana que afecta el cultivo del arroz prácticamente en todas las regiones de producción en el mundo, pero no se ha registrado su incidencia en Cuba. Su principal agente causal es la especie Pseudomonas fuscovaginae, aunque en algunos países se informan otras especies que producen los síntomas, entre ellas Pseudomonas syringae pv. syringae. A pesar de que P. fuscovaginae se registra dentro del grupo A1 de la Lista de Plagas Cuarentenarias de la República de Cuba, se ha informado en la región centroamericana y caribeña, por lo que representa una amenaza para el país. Por tales razones, el propósito de este artículo de revisión es proporcionar una actualización sobre la caracterización y el diagnóstico eficaz de P. fuscovaginae. Los síntomas se pueden detectar en diferentes estadios del ciclo del cultivo. Estos se observan como manchas necróticas pardas en las vainas, pobre emergencia de la panícula, manchado de los granos y esterilidad, aunque esta sintomatología puede variar entre distintas regiones geográficas. Las cepas de P. fuscovaginae presentan variabilidad bioquímico-fisiológica, inclusive en las ocho pruebas tomadas como distinti-vas de la especie. También presentan variabilidad antigénica y molecular. Por lo tanto, su diagnóstico es complejo y se requiere un enfoque polifásico que combine pruebas bioquímico-fisiológicas, otras pruebas fenotípicas, ensayo de patogenicidad, inmunodiagnóstico y diagnóstico molecular con cebadores específicos o secuenciación de genes conservados (ADNr 16S, rpoB, rpoD, gyrB, entre otros) y genes accesorios, individuales o concatenados. Palabras clave: caracterización bioquímico-fisiológica, caracterización molecular, diagnóstico polifásico
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