Phylogenetic comparison of plasma- and cell subset-derived viral sequences to identify the cellular origin of HIV plasma viremia [thesis]

Astrid Hielscher
2020
Während CD4+ T-Zellen das Hauptziel einer beginnenden HIV-Infektion darstellen, geht eine produktive Virusinfektion mit einer Herabregulation der CD4-Rezeptoren einher. Bis heute ist jedoch nicht eindeutig geklärt, welche Zellpopulationen eine HIV-Infektion und Replikation in vivo fördern, und zur Plasmavirämie beitragen. Um dies genauer zu charakterisieren, haben wir Plasma und Zell assoziierte HIV Sequenzen aus separierten CD45RA- T-Gedächtniszellpopulationen, einschließlich CD4niedrig/-/CD8-
more » ... h CD4niedrig/-/CD8- T-Zellen, regulatorischen T-Zellen (Tregs, CD4+CD25+FoxP3+), follikulären THelferzellen (Tfh, CD4+CXCR5+) und nicht-follikulären T-Helferzellen (nicht-Tfh, CD4+CXCR5-) untersucht. Hierbei nahmen wir an, dass Zell assoziierte HIV-Nukleotidsequenzen, quasi-identisch zu Plasma assoziierten Sequenzen, ihren Ursprung aus HIV-infizierten, Virus produzierenden Zellen haben. Um die hochvariable HIV Envelope (Env) V1V3 Region (HxB6559 bis 7320) aus geordneten Zellpopulationen zu amplifizieren, klonieren und zu sequenzieren, wurde eine nested-PCR verwendet. Die resultierenden Nukleotidsequenzen wurden in Aminosäuresequenzen übersetzt, und mithilfe von MEGA6 auf die Referenzsequenz ausgerichtet. Bis zu 4 Substitutionen zwischen Zellund Plasma assoziierten Sequenzen wurden als quasi-identisch gewertet. Insgesamt wurden 621 EnvV1V3-Sequenzen von 9 viremischen, HIV-positiven Probanden analysiert. Dabei wurden bei 4 Probanden Doppelinfektionen mit unterschiedlichen HIV-Stämmen nachgewiesen und quasiidentische Zell-Plasma-Sequenzpaare bei 5 der 9 Probanden entdeckt. Im Detail waren bei Patient H76 3 Sequenzen der CD4niedrig/-/CD8- T-Zellpopulation quasi-identisch zu 4 Plasmasequenzen. Für Patient H241 waren 17 Sequenzen der CD4+CD25+FoxP3+ T-Zellen quasi-identisch zu 2 Plasmasequenzen. Für Patient H304 war 1 Sequenz der CD4+CXCR5+ T-Zell Population und 1 Sequenz der CD4+CXCR5- T-Zellpopulation quasi-identisch zu 1 Plasma assoziierten Sequenz. Bei Patient H442 wurde 1 Sequenz der CD4+CXCR5- Zell assoziierten Population quasi-identisch mit [...]
doi:10.5282/edoc.26043 fatcat:v4ecstabrzho3hoqzmwrz7nbmu