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Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbours [article]

Maxime Delmas, Olivier Filangi, Christophe Duperier, Nils Paulhe, Florence Vinson, Pablo Rodriguez-Mier, Franck Giacomoni, Fabien Jourdan, Clément Frainay
2022 bioRxiv   pre-print
In human health research, metabolic signatures extracted from metabolomics data are a strong-added value for stratifying patients and identifying biomarkers. Nevertheless, one of the main challenges is to interpret and relate these lists of discriminant metabolites to pathological mechanisms. This task requires experts to combine their knowledge with information extracted from databases and the scientific literature. However, we show that a large fraction of metabolites are rarely or never
more » ... oned in the literature. Consequently, these overlooked metabolites are often set aside and the interpretation of metabolic signatures is restricted to a subset of the significant metabolites. To suggest potential pathological phenotypes related to these understudied metabolites, we extend the 'guilt by association' principle to literature information by using a Bayesian framework. With this approach, we suggest more than 35,000 associations between 1,047 overlooked metabolites and 3,288 diseases (or disease families). All these newly inferred associations are freely available on the FORUM ftp server (See information at https://github.com/eMetaboHUB/Forum-LiteraturePropagation.).
doi:10.1101/2022.09.13.507596 fatcat:ldb52sorgrdrrad2qebn4xeeym

Create, run, share, publish, and reference your LC–MS, FIA–MS, GC–MS, and NMR data analysis workflows with the Workflow4Metabolomics 3.0 Galaxy online infrastructure for metabolomics

Yann Guitton, Marie Tremblay-Franco, Gildas Le Corguillé, Jean-François Martin, Mélanie Pétéra, Pierrick Roger-Mele, Alexis Delabrière, Sophie Goulitquer, Misharl Monsoor, Christophe Duperier, Cécile Canlet, Rémi Servien (+4 others)
2017 International Journal of Biochemistry and Cell Biology  
Metabolomics is a key approach in modern functional genomics and systems biology. Due to the complexity of metabolomics data, the variety of experimental designs, and the variety of existing bioinformatics tools, providing experimenters with a simple and efficient resource to conduct comprehensive and rigorous analysis of their data is of utmost importance. In 2014, we launched the Workflow4Metabolomics (W4M, http://workflow4metabolomics.org) online infrastructure for metabolomics built on the
more » ... alaxy environment, which offers user-friendly features to build and run data analysis workflows including preprocessing, statistical analysis, and annotation steps. Here we present the new W4M 3.0 release, which contains twice as many tools as the first version, and provides two features which are, to our knowledge, unique among online resources. First, data from the four major metabolomics technologies (i.e., LC-MS, FIA-MS, GC-MS, and NMR) can be analyzed on a single platform. By using three studies in human physiology, alga evolution, and animal toxicology, we demonstrate how the 40 available tools can be easily combined to address biological issues. Second, the full analysis (including the workflow, the parameter values, the input data and output results) can be referenced with a permanent digital object identifier (DOI). Publication of data analyses is of major importance for robust and reproducible science. Furthermore, the publicly shared workflows are of high-value for e-learning and training. The Workflow4Metabolomics 3.0 e-infrastructure thus not only offers a unique online environment for analysis of data from the main metabolomics technologies, but it is also the first reference repository for metabolomics workflows.
doi:10.1016/j.biocel.2017.07.002 pmid:28710041 fatcat:6ive7uxltbfrxjl3wrf2nisk6m

Page 691 of Revue Des Deux Mondes Vol. 12, Issue [page]

1912 Revue Des Deux Mondes  
La virtuosité a des succès dérisoires, tels que nous nous y laissons prendre ; et nous sommes les dupes de cette duperie que nous avons peut-être inno- cemment instituée.  ...  » Et si Christophe veut en faire ? — « Plus tu veux, moins tu peux!... » Après un long silence, Gottfried, parlant à Christophe ou à lui-même, demande quel besoin l’on a de chanter.  ... 

Page 89 of Foreign Quarterly and Westminster Review Vol. 20, Issue 39 [page]

1837 Foreign Quarterly and Westminster Review  
prevailed, and one Baptist Duperier Goman, taking refuge in the mountains, set both governments at defiance, and Petion carried on a long war against him.  ...  A fierce encounter ensued, and Christophe was compelled to retreat, though Vastey asserts that this arose from his reluctance to shed blood.  ... 

Mensonge, duperie de soi et clivage

Duarte Rolo
2012 Psicologia em Estudo  
Mots clés: Clivage; duperie de soi; troisième topique. MENTIRA, AUTO-ILUSÃO E CLIVAGEM RESUMO.  ...  l'explication de certaines manifestations cliniques repose sur la référence à un modèle de l'appareil psychique qui accorde une place centrale au clivage, tel que dans la troisième topique formulée par Christophe  ...  De ces derniers, Christophe Dejours (Dejours, Veil & Wisner, 1985, p.127) De plus, de façon assez inespérée, ces sujets semblent s'accommoder de ce double fonctionnement sans souffrance manifeste et  ... 
doi:10.1590/s1413-73722012000300006 fatcat:jopi2nl7ufc3pehypwtipouhr4

Page 455 of Notes and Queries Vol. 12, Issue 310 [page]

1903 Notes and Queries  
De- barred from all other remedy, Jestoujef,” the writer proceeds to say, ‘‘essaya de se consoler de cette duperie en faisant de l'esprit.  ...  Christopher, for Capts. | Philip and Samuel Payne were there in or | before 1669.  ... 

Page 403 of Revue Des Deux Mondes Vol. 6, Issue [page]

1856 Revue Des Deux Mondes  
Les uscoques apprirent bien vite, à l’aspect de la mer, que leurs expéditions par terre n'étaient qu'une duperie.  ...  de trois de leurs barques massacraient celui d’une frégate vénitienne richement chargée; plus tard, dans un des abris de l’île Pago, ils enlevaient à l’abordage une galère commandée par le patricien Christophe  ... 

Page 339 of Museum of Foreign Literature, Science and Art Vol. 32, Issue [page]

1838 Museum of Foreign Literature, Science and Art  
|/ed, and one Baptist Duperier Goman, taking refuge The kingdom fel! into an unsettled state, as the Hay-|in the mountains, set both governments at defiance, tian writers delicately term it.  ...  |Christophe was compelled to retreat, though Vastey “Haytians! the political events that have laid waste! oe - ye a pa —_ ye - + a o — the country seem atanend.  ... 

ROY, D. Christopher, WHEELOCK, G.B. Thomas, 2007, Land of the Flying Masks - Art and Culture in Burkina Faso - The Thomas G.B. Wheelock Collection

Michèle Coquet
2010 Journal des Africanistes  
Dans sa présentation, Christopher D.  ...  Il fit connaissance avec les marchands locaux et les rabatteurs, se familiarisa avec l’atmosphère des achats en brousse et affronta les premières duperies. Les objets vinrent à lui.  ... 
doi:10.4000/africanistes.2670 fatcat:6mpvnwtmvje27jx2bjx6ikpmcy

Anurag Kashyap, Ugly

Lionel Francou
2015 Lectures  
Et il embrasse large : violence et conflits familiaux, vulgarité, ennui, trafics en tous genres, foules menaçantes, mensonges et duperies, corruption, écoutes téléphoniques invasives, violence policière  ...  Notes 1 Pour faciliter la lecture de ce texte, les extraits cités le sont sur base de la traduction française fournie en sous-titres. 2 Voyez notamment Christophe Jaffrelot, Jules Naudet (dir.), Justifier  ... 
doi:10.4000/lectures.17873 fatcat:l7zayhpbvvahjjyoed6fs2crz4

Page 351 of The Select Circulating Library. Containing the Best Popular Literature, Including Memoirs, Biography, Novels, Tales, Travels, Voyages, & C Vol. , Issue 22 [page]

1837 The Select Circulating Library. Containing the Best Popular Literature, Including Memoirs, Biography, Novels, Tales, Travels, Voyages, & C  
prevailed; and one Baptist Duperier Goman, taking refuge in the moun- tains, set both governments at defianee, and Petion car- ried on a‘long war against him.  ...  Christophe, called away by some tumults, had scarcely quitted his army, when a whole division went over to the enemy.  ... 

Être public à la télévision : jouer un drôle de jeu

Camille Jutant
2013 Effeuillage  
Diffusion sur France 2, le 17 mars 2010, produit par Yami 2 et réalisé par Christophe Nick. 3. Diffusion sur France 2, le 18 mars 2010, produit par Yami 2 et réalisé par Christophe Nick. 4.  ...  Documentaire non diffusé, produit par Yami 2 et réalisé par Christophe Bouquet et Thomas Bornot.  ... 
doi:10.3917/eff.002.0046 fatcat:snc3kvwspjdbvadfa4amfq2dyu

Métaphysique et philosophie de la connaissance

Claudine Tiercelin
2020 Annuaire du Collège de France : Résumé Des Cours et Travaux  
» (Christophe Grellard, EPHE/LEM) ; « Scepticism as a way of life » (Baron Reed, Northwestern University) ; « Peut-on être en désaccord avec un crétin ?  ...  Le problème du malin génie, la question de la garantie de nos actions, de la rationalisation et de la duperie de soi, ainsi que la question de la responsabilité que nous avons vis-à-vis de nos croyances  ... 
doi:10.4000/annuaire-cdf.16036 fatcat:bf3t36nnuzgnpi6anp7yjj7h3q

Index of Persons

1851 Camden Old Series  
Lady, 20 Dunstar, John, 79, 83, 87, 89, 96, 101, 107, 110 Duperier, Francis, 93 Duppa, Thomas, Esq. 17.  ...  Mary, 102, 110 Penny, Christopher, 117, 163. Joan, widow Stapleton, Sir Miles, 17 bis, 26, 32, 33 Stephens, Christiana, widow of John, 2, 102, 132.  ... 
doi:10.1017/s2042169900013043 fatcat:hsmudg3slrd37gms7olcnkh6ay

Journée d'étude « Fakery : an American territory ? / L'imposture : un territoire américain ? »

Gwenola Le Bastard, Maëlle Picouleau
2010 Transatlantica : Revue d'Études Américaines  
d’Eugene O’Neill », Gwenola Le Bastard (doctorante à l’Université Rennes 2) a souhaité analyser le thème de l’imposture et du faux dans Strange Interlude (1928) de Eugene O’Neill, une pièce mêlant duperies  ...  Examinant les mécanismes de l’escroquerie dans les œuvres dramatique et cinématographique The Shawl (1985) et House of Games (1987) du dramaturge et réalisateur David Mamet, Christophe Collard (Vrije  ... 
doi:10.4000/transatlantica.5077 fatcat:6p4pdv6m55d4lfmopnskpokkm4
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