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Using Colored Petri Nets to Construct Coalescent Hidden Markov Models: Automatic Translation from Demographic Specifications to Efficient Inference Methods [chapter]

Thomas Mailund, Anders E. Halager, Michael Westergaard
2012 Lecture Notes in Computer Science  
Biotechnological improvements over the last decade has made it economically and technologically feasible to collect large DNA sequence data from many closely related species. This enables us to study the detailed evolutionary history of recent speciation and demographics. Sophisticated statistical methods are needed, however, to extract the information that DNA sequences hold, and a limiting factor in this is dealing with the large state space that the ancestry of large DNA sequences spans.
more » ... ntly a new analysis method, CoalHMMs, has been developed, that makes it computationally feasible to scan full genome sequences -the complete genetic information of a species -and extract genetic histories from this. Applying this methodology, however, requires that the full state space of ancestral histories can be constructed. This is not feasible to do manually, but by applying formal methods such as Petri nets it is possible to build sophisticated evolutionary histories and automatically derive the analysis models needed. In this paper we describe how to use colored stochastic Petri nets to build CoalHMMs for complex demographic scenarios.
doi:10.1007/978-3-642-31131-4_3 fatcat:ea5zgrkgjfeu3afe35mubvxfga

A New Isolation with Migration Model along Complete Genomes Infers Very Different Divergence Processes among Closely Related Great Ape Species

Thomas Mailund, Anders E. Halager, Michael Westergaard, Julien Y. Dutheil, Kasper Munch, Lars N. Andersen, Gerton Lunter, Kay Prüfer, Aylwyn Scally, Asger Hobolth, Mikkel H. Schierup, Harmit S. Malik
2012 PLoS Genetics  
Pr X 0 ð Þ~0 ð Þwith probability 1, so E tDX t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ½ E tDX 0 ð Þ~0,X t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ½ , thus, we need to compute E tDX t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ½ ð t iz1 t i t  ...  E ½ ð t iz1 t i t : f tDX t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ð Þ dt where f tDX t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ð Þ is the conditional coalescence density f tDX t i ð Þ[V B ,X t iz1 ð Þ[V E ð Þ f t,X t i ð Þ[V  ... 
doi:10.1371/journal.pgen.1003125 pmid:23284294 pmcid:PMC3527290 fatcat:drrcjatktvgy7pgxx2u6jdui4m

Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference

Lasse Maretty, Jacob Malte Jensen, Bent Petersen, Jonas Andreas Sibbesen, Siyang Liu, Palle Villesen, Laurits Skov, Kirstine Belling, Christian Theil Have, Jose M. G. Izarzugaza, Marie Grosjean, Jette Bork-Jensen (+47 others)
2017 Nature  
3 a u g u s t 2 0 1 7 | V O L 5 4 8 | N a t u R E | 8 7 LEttER  ...  All rights reserved.3 a u g u s t 2 0 1 7 | V O L 5 4 8 | N a t u R E | 8 9Letter reSeArCH © 2017 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature. All rights reserved.  ...  E., O'hUigin, C., Klein, D. & Klein, J. Shared polymorphism between gorilla and human major histocompatibility complex DRB loci. Hum. Immunol. 34, 267-278 (1992). 26. Poznik, G. D. et al.  ... 
doi:10.1038/nature23264 pmid:28746312 fatcat:p7m6a5ripfagrall2euqtokyim

Great ape genetic diversity and population history

Javier Prado-Martinez, Peter H. Sudmant, Jeffrey M. Kidd, Heng Li, Joanna L. Kelley, Belen Lorente-Galdos, Krishna R. Veeramah, August E. Woerner, Timothy D. O'Connor, Gabriel Santpere, Alexander Cagan, Christoph Theunert (+63 others)
2013 Nature  
Population splits and effective population sizes (N e ) during great ape evolution.  ...  The terminal N e correspond to the effective population size after the last split event.  ... 
doi:10.1038/nature12228 pmid:23823723 pmcid:PMC3822165 fatcat:wvpw6ssdcfeybiqfjxd5n4eayy

EPILEPSIE ALS BEFREIUNGSGRUND BE1 DER ERSTEN MUSTERUNG DER WEHRPFLICHVON TIGEN IN SKANDINAVIEN, FINNLAND UND IN DER SCHWELZ

HERMAN LUNDBORG
1912 Epilepsia  
Von Dwemark, Finnland und Schweiz habe ich die entsprechenden Angaben aus wissenschaftlichen Arbeiten von Halager (Dhemark), Lindeiz (Finnland) und aus der Zeitschrift far Schweiz.  ...  , Lehrern, Richtern; 5. diirften auch andere unbekannte Faktore mitwirkend sein  ...  Jahres- periode 1898-I907 41.754 40.462 43.311 41.320 36.325 34.877 39.539 39.250 391.523 1311 345 42.0 341 33.1 29.3 ~ 33.5 I Jahr Anzahl der e- musterten d e h r - pflichtigen  ... 
doi:10.1111/j.1528-1157.1912.tb03047.x fatcat:hickwh3kx5edpa5itqs2bjmyra

Zur altsächsischen Grammatik

Rudolf Kögel
1894 Indogermanische Forschungen  
Dem von Gallee beigebrachten Belege des e vor r + Konsonant schliessen sich an Ailherd Corv. 22, Siherd 40, MercsuU 82, Fridugert 268.  ...  Denn auch hier partizipieren andere Dialekte an der in Rede stehenden Form: niederfränk. finden wir sie in PS. 68, 5 gimanochfoldoda und Gloss.  ...  Obwohl der Sprache derselben d für ai, e sonst gänzlich fremd ist, findet sich doch mehrfach gerade die Form halag: Halagmund 331, Halegdag 332. Dazu Halegred Förstm. l, 589.  ... 
doi:10.1515/9783110242454.276 fatcat:chobry5kmfbezpbeg4gqwifrey

Page 455 of National Union Catalog Vol. 19, Issue [page]

1948 National Union Catalog  
HF1002.H68 650.3 50-20663 Thore, Sven Anders, 1903- Cephalopoda collected by the “Skagerak” expedition in the. easte rn Atlantic, 1946, Géteborg, Flanders boktr., 1948. 2 om.  ...  ,lsted., New York, Norton ,1951, 860 p. as., nap (on Halag papers) Locm. 1, Cape Cod—Descr, & tray. F72.C3T434 917.449 51-10987 Thoreau, Henry David, 1817-1362. Desobediencia civil, 1849-1949.  ... 

Heerlijkheden En Heerlijke Rechten

A.S. De Blécourt
1920 Legal History Review  
e?oMn!  ...  In het gewijzigd plan van constitutie (zie DcagverlacLCCI, VI, b1. 533 e. v.) luidde het opschrift van titel X : over de leenen en andere soortgeUjke oltde i-ecltteit.  ... 
doi:10.1163/157181920x00033 fatcat:uayngqd7v5bzhhglb3ou3o3shq

Page 486 of Historische Zeitschrift Vol. 10, Issue [page]

Historische Zeitschrift  
E., Le Chancellier d’Aguesseau. 12. (144 p.) Lille. Capefigue, Madame la comtesse Dubarry. 18. (258 p.) Mastier, A., Turgot, sa vie et sa doctrine. 8. (456 p.) Paris.  ...  Intendance in 11 Paragraphen, handelnd von den Abgaben, von Turgots Amtshandlungen bezüglih der Hungersnoth, von den Frohnden, den Strafen, dem Octroi, den halages, der Nekrutirung, den Hebammen, dem Aderbau  ... 

Ontwikkeling van stotteren: Inleiding tot een praktijkmodel

Bert Bast, Leonoor C. Oonk, Luc De Nil, Else Eising, Simone P.C. Koenraads, Jan Bouwen, Marie-Christine Franken
2022 Stem- Spraak- en Taalpathologie  
G., Yairi, E., Loucksa, T. M., Seery C.  ...  Recent beeldvormend hersenonderzoek naar spraakperceptie vond dat stotteren geassocieerd was met afwijkende corticale responsen tijdens de spraakperceptie (Halag-Milo e.a., 2016).  ... 
doi:10.21827/32.8310/2022-1 fatcat:hleqzyf6m5amfljl3tsiflftxm

Meta-analysis of Scandinavian Schizophrenia Exomes [article]

Francesco Lescai, Jakob Grove, F. Kyle Satterstrom, Elliott Rees, Jonas Bybjerg-Grauholm, Thomas Damm Als, Jaroslaw Kalinowski, Anders Halager, Tarjinder Singh, Qbin Li, Jun Wang, James TR Walters (+10 others)
2019 bioRxiv   pre-print
Disruptive Missense damaging Damaging and Disruptive Missense non damaging Synonymous D B S C li n S W E M e ta D B S C li n S W E D B S C li n S W E D B S C li n S W E D B S C li n  ...  S W E 1.1 1.3 1.4 Datasets and Variant categories dataset DBS Clin SWE Metaanalysis M e ta M e ta M e ta M e ta The copyright holder for this preprint (which was not peer-reviewed  ... 
doi:10.1101/836957 fatcat:sno4tdpclfcedcjihnaayibore

VERMISCHTES

1921 Zeitschrift für Romanische Philologie  
Dazukommt, dafs, worauf E. Mackel, Zs. XX, 514-519 hingewiesen hat, die Mehrzahl der germ. Lehnwörter im Rom. diese Vokaldehnung mitgemacht hat, vgl. frz. Joufroi aus frk.  ...  Ahd. bira kann somit nicht aus dem Vlt. stammen, ist vielmehr aus dem schriftsprachlich gefärbten Lat. der Mönche entlehnt Zweitens kann man für andere lat Lehnwörter des Altgerm, nicht behaupten, dafs  ...  Godefroy im Complement und im Dict. unter halage, halete, halier, die übrigen Landschaften, Südfrankreich schliefst sich ans. Daneben steht im Norden die hole des ichevins> Gdf.  ... 
doi:10.1515/zrph.1921.41.3.574 fatcat:y6v5i5lkx5dqpjjxiewbphzi6m

Transport de marchandises et organisation régionale en Hongrie

Ferenc Erdosi
2003 Revue Géographique de l Est  
Erst mit dem spürbaren Ausbau der Flußschiffahrt haben manche Regionen und Städte eine bedeutsamere Entwicklung erfahren als andere.  ...  Une évolution timide au XIX e 6 Les premières routes pavées sont construites à la fin du XVIII e siècle à travers le plateau du Karst et facilitent quelque peu les transports en direction de la Mer Adriatique  ... 
doi:10.4000/rge.2454 fatcat:gk2fvhanv5h4bgh6cmsthwn7fq

Beiträge zur Entwicklungsgeschichte von Zähnen und Gebiss der Reptilien

Martin W. Woerdeman
1921 Archiv für Mikroskopische Anatomie  
Es pr~sentiert sich nun eher als eine parietale halage, d. h. es ist mit der labialen Fl~tche der Matrix verbunden.  ...  In Wirklich- keit ist dies anders.  ...  E. wohl wieder auf einen alternierenden Wechsel hindeutet.  ... 
doi:10.1007/bf02978970 fatcat:qs5xz64agvctrioftjh46zcon4

UNTERSUCHUNGEN UEBER DAS MHD. GEDICHT VON DER MINNEBURG

GUSTAV EHRISMANN
1897 Beiträge zur Geschichte der Deutschen Sprache und Literatur  
Ihr wert als selbständiges kunstwerk ist auch erstaunlich gering, sie bildet fast das letzt erreichbare ziel einer für andere zeiten und menschen ungeniessbaren manier.  ...  e\ umgekehrt e für i in erdisch, errend, tveddcr ( ; wider')", derbcdemt-, ausserdem ist i auch durch ie vertreten besonders in dieser, wieder, liedic, friede, hiemel, siech ('siehe').  ...  Andere reimkünsteleien, klangspiele u. dgl. werden gemieden.  ... 
doi:10.1515/bgsl.1897.1897.22.257 fatcat:ksecuvmncbdshfmosbc2gw3bri
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